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凝胶电泳仪在分子生物学、遗传学和生物化学的得到广泛的应用。
1.大的DNA或者RNA分子通常利用琼脂糖凝胶电泳(agarose gel electrophoresis)分离,也可以使用聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)。
2.蛋白质的凝胶电泳通常在加入十二烷基硫酸钠的聚丙烯酰胺凝胶中进行(SDS-PAGE),或者非变性凝胶电泳,或二维电泳。
3.毛细管电泳
4.酶谱法(zymography)
5.变性梯度胶凝电泳(Denaturing Gradient Gel Electrophoresis,DGGE)
各种形状、大小和孔隙度能够由琼脂糖和聚丙烯酰胺制成,琼脂糖凝胶分离DNA片度大小有比较广的范围,从200bp至近50kb的DNA片段为不同浓度琼脂糖凝胶可分离长度。在强度和方向恒定的电场下琼脂糖一般使用水平装置电泳。聚丙烯酰胺分离小片段DNA(5-500bp)具有比较好的效果,其拥有极高的分辨力,即使相差1bp的DNA片段,也可以分开,聚丙烯酰胺凝胶电泳很快,相对大量的DNA其也能够容纳,然而制备和操作没有琼脂糖凝胶简单。聚丙烯酰胺凝胶采用垂直装置进行电泳。目前,通常实验室进行DNA电泳大多数使用琼脂糖水平平板凝胶电泳装置。
在DNA制备电泳中,琼脂糖主要作为一种固体支持基质,琼脂糖的浓度决定了其密度。在电场中,在中性pH值下带负电荷的DNA向阳极迁移,其迁移速率由下列多种因素决定:
1、 琼脂糖浓度
一个给定大小的线状DNA分子,在不同浓度的琼脂糖凝胶中其迁移速度各不相同。DNA电泳迁移率的对数与凝胶浓度成线性关系。DNA分子的大小决定了凝胶浓度的选择。分离大于10kb的DNA分子所需胶浓度为0.3-0.7%,分离小于0.5kb的DNA片段所需胶浓度是1.2-1.5%, DNA片段大小间于两者之间则所需胶浓度为0.8-1.0%。
2、DNA分子的构象
当DNA分子处于不同构象时,,它在电场中移动距离不仅受到分子量的影响,而且受到它本身构象的影响。在琼脂糖凝胶中,在琼脂糖凝胶中的移动速度各不相同,开环双链DNA移动Z慢,而超螺旋DNA移动Z快。
3、 DNA的分子大小
在一定浓度琼脂糖凝胶中线状双链DNA分子的迁移速率与DNA分子量对数成反比,分子越大就会受到越大的阻力,在凝胶孔隙中蠕行也就变得越困难,所以迁移得越慢。
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