基因芯片生物信息学常见分析项目 -混匀仪技术文章

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【导读】基因芯片生物信息学常见分析项目 -混匀仪技术文章基因芯片生物信息学常见分析项目 -混匀仪技术文章一. 基因芯片结果分析1. 差异表达基因分析和聚类分析基因芯片数据标准化、上调基

基因芯片生物信息学常见分析项目-混合仪器技术文章
1.基因芯片生物信息学常见分析项目-混合仪器技术文章。基因芯片分析结果

1。差异表达基因分析和聚类分析

基因芯片数据标准化，上调基因/下调基因，t检验（P值），方差分析（F检验）），基因簇（Cluster），热图（Heatmap），多样本分子标记物聚类（例如肿瘤分子标记物聚类分析）。它可以分析mRNA表达谱，miRNA表达谱和甲基化基因芯片数据表达谱的差异。（结果格式：分析表，红绿色热图，聚类分类树）

2。遗传数据相关性分析

分析内容：基因芯片数据质量控制与分析（结果格式：相关性分析结果表）

3 。 GO差异基因功能富集分析（基因本体论）

意义：它可以告诉研究人员差异基因调节的哪些生物学功能最重要，哪些生物学过程需要研究深入了解哪些酶活性需要ZD关注。

分析内容：包含基因芯片中所有差异表达基因的GO功能注释（结果形式：注释表）和GO功能富集分析图（结果形式：Heatmap / Cluster /功能控制图）。

4。通路分析和富集分析

意义：了解蛋白质差异基因影响的主要信号通路调控机制和关键调控。

分析内容：*与几种重要的差异基因相关的KEGG代谢途径图，指示途径调节程度的热图，（结果格式：途径表），途径富集分析图（结果格式：热图/簇，富集参数表/ KEGG代谢途径图，包括研究基因的颜色标记）

5. miRNA靶基因的预测< / span>

分析内容：预测差异表达的miRNA靶基因，KEGG途径（结果格式：注释表）

6。甲基化位点分析

分析内容：甲基化位点分布，高甲基化/低甲基化位点分布（结果格式：饼图或条形图）
< br> 7。 SNP位点分析

分析内容：分析细胞信号转导途径的机制或与某疾病相关的主要SNP位点。（结果格式：分析表）

2。基因组高通量测序序列分析

1。全基因组序列功能注释

分析内容：预测基因组ORF（CDS），tRNA和rRNA编码区的起点和终点以及长度，并注释基因功能。（结果格式：分析表）

2。全基因组序列剪接

分析内容：将短测序序列剪接成一个完整的全基因组fasta序列文件。（结果格式：fasta序列文件）

3。全基因序列功能聚类

分析内容：基因组的所有基因序列进行功能分类（结果形式：饼图，功能分类层次表）
< br> 4。系统发育树/物种进化树/分子进化树的构建

分析内容：进行多基因组序列比对，构建不同物种之间的进化树。（结果格式：进化树图，可选模式）

5。不同基因组序列的KEGG代谢途径分析

分析内容：预测基因组基因的KEGG代谢途径。（结果格式：KEGG图）

6。全基因组CDS编码区分布图

分析内容：绘制全基因组基因分布图，TRNA分布图和rRNA分布图。（结果格式：圆形图）

7。多基因组GO功能差异分析

分析内容：定位不同物种的基因组GO功能差异图。（结果格式：条形图）

8。蛋白质相互作用和GO /通路调控分析

9。 SNP连锁不平衡分析

10。共线性和PCoA分析

11。 COG函数聚合类分析

12。未知的微生物基因组物种预测

13。已知物种的系统发生序列

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2007-05-10 11:55:18

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