1. PCR扩增效率(Amplification efficiency);
2. 模板量(Template);
3. 降解系数(Degradation);
4. 扩增子的分子量(molecular weight);
5. 等位基因类型(Heterozygote or Homozygote);
6. 位点特异性(Locus);
假设有如下图谱,贡献者为2,实际分型如下表
如果不考虑其他因素,分型的图谱应该如下:
1. 模板量:contributor 1>contributor 2
2. 降解因素:contributor 1> contributor 2
3. 扩增效率:Locus2 > Locus 1
4. Stutter
5. 模拟结果
STRmix生物模型考虑到了所有相关因素:
如何将生物模型应用在图谱的拆分中?
MCMC(马尔科夫链-蒙特卡罗算法)产生于19世纪50年代早期,是在贝叶斯理论框架下,通过计算机进行模拟的蒙特卡洛方法。
蒙特卡洛方法的实质是通过大量随机试验,利用概率论解决问题的一种数值方法。马尔科夫链是指生成随机数列的一种方法。
MCMC是一种简单有效的计算方法,在很多领域到广泛的应用,如统计生物学、贝叶斯(Bayes)问题、计算机问题等。
MCMC通过将随机生成的数值与之前的数值进行比较,通过检测是否与正确值更接近,来判断下一步是接受还是重新生成一个随机值,循环往复,Z终找到Z接近正确值的区域。STRmix将这个过程分为两个部分,pre-burn in 和post-burn in 分别计算10万次和5万次,Z终找到正确的解释。
MCMC结合STRmix的生物模型,具体的工作方式如下:
目前STRmix的客户数量已经近100个,主要分布在北美、欧洲和大洋洲,成为目前Z受欢迎的混合图谱分析系统。
关于STRmix™
STRmix™ DNA混合图谱分析系统由 新西兰环境科学与研究所(ESR)与南澳大利亚法庭科学ZX(FSSA)联合研发,采用国际主流MCMC算法,使用连续型方法对DNA图谱进行解释,解决了世界范围内的许多复杂DNA混合图谱。
国内某权威机构通过综合评定各类分析软件,认为STRmix在拆分的合理性,准确性,速度上占据较大优势,目前已采购并开展相关研究。
关于瑞源
北京瑞源文德科技有限公司,总部位于北京,在上海、成都、沈阳、武汉、广州设有分支机构,全国主要城市设有超过30个维修站,并在美国设立代理机构。
公司是ZGZ早致力于公共安全和刑事技术领域国际先进技术的引进和吸收的专业化公司,率先开始电子取证设备在ZG的引进和配套研发,目前是美国、英国、德国、以色列、加拿大等多家国际生产厂家在ZG的du家dai理商和服务商。所推广产品涉及公共安全检查、刑事技术、电子取证、毒品查缉、证照检查等行业,代表了同行业的世界先进水平,部分自主开发产品已销往美国、欧洲和南美地区。
公司始终遵循“引进技术为主,自我研发并重,技术服务见长,中西文化合璧”的发展宗旨,确保向用户提供yi流的产品、yi流的技术、yi流的服务。
官方网站:www.ecryan.com.cn
美国联邦调查局(FBI)于2017年对STRmix进行了全面
考虑以下因素:1. 核酸染料是否足量2. 琼脂糖凝胶以及电泳液是否为新制3. DNA的量是否足够 查看原帖
STRmix荣获新西兰Z高科学奖 新西兰环境科学研究院研发的STRmixD
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