“谁在主导土壤耐药活性”| PRECI SCS微生物单细胞分选仪与你共同探索
一、研究方法
选择三种受人类活动影响程度不同的土壤,去除土壤原有水分后,使用美罗培南、环丙沙星、头孢噻肟三种抗生素和重水与土壤共孵育24h。通过碘海醇梯度离心法提取全部土壤菌,然后在拉曼光谱仪下检测并统计重水标记峰。接着,利用PRECI SCS微生物单细胞分选仪免培养分离高耐药活性菌,最后进行宏基因组确定其对应的耐药基因。
在该过程中,PRECI SCS微生物单细胞分选仪分离活性菌的过程仅需3步即可实现。
1)将经过拉曼检测的样品芯片放置到分选仪上,并放置细胞接收器,用于接收分离细胞。
2)在PRECI SCS微生物单细胞分选仪的镜下视野中选择之前拉曼检测中呈现高CD ratio的活性耐药菌。
3)调整分选激光的合适参数,点击分选,将细胞分选至接收器中。
二、研究结果
活性耐药菌代谢D2O到体内后会代替部分C-H键为C-D键,在拉曼光谱上体现为C-H峰红移,产生C-D峰。计算C-D峰与C-D峰和C-H峰的比值(CD ratio),作为土壤菌活性标准,统计每个样品中的菌活性能够看出,三种抗生素孵育结果均表明人类活动影响下土壤耐药菌活性更高。
上述含有C-D峰的活性耐药菌经过CD ratio的计算排序之后,选择了前2%进行单细胞分离(图4红色光谱部分)。
分离的单细胞经扩增后用于宏基因组检测。结果显示放线菌门、变形菌门和厚壁菌门是土壤中活性耐药菌的优势菌门(图5右),共包含31个种,这类具有活性的耐药菌在未筛选前的土壤中仅占一小部分(图5左),这说明抗生素筛选联合Raman-D2O进行单细胞分离过程对土壤活性耐药菌的检出是十分必要的。
参考文献:
[1] Li, H. Z., Yang, K., Liao, H., Lassen, S. B., Su, J. Q., Zhang, X., Cui, L., & Zhu, Y. G. Active antibiotic resistome in soils unraveled by single-cell isotope probing and targeted metagenomics. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 119, e2201473119 (2022).
为什么选择PRECI SCS微生物单细胞分选仪?
过去的单细胞分选通常采用流式技术,一般需要复杂的前处理步骤和标记要求,对于环境微生物的探究,在基因未知情况下难以准确锁定功能菌或耐药菌。PRECI SCS微生物单细胞分选仪是基于激光诱导向前转移(LIFT)技术开发的一款针对微生物单细胞进行分选的设备,可在显微视野下直观、可视化地识别目标细胞,并将其精准分选出来。该方法操作简单,无需复杂前处理,且能应对土壤等复杂环境样品中杂质干扰等问题,对操作者的技术要求更低,适用范围更广。
环境中未培养微生物的数量远超可培养微生物,而对于未培养微生物的功能表型与基因型的探究,还需要更为直观、准确的工具。PRECI SCS微生物单细胞分选仪联合宏基因测序技术,为微生物的靶向宏基因分析提供了切实可行的策略,有助于进一步揭示未培养微生物在生态系统中的作用与功能。
扫码下方二维码,获取更多产品信息
往期推荐
2024-08-23
2024-03-01
2024-03-01
2024-03-01
全部评论(0条)
推荐阅读
-
- 爱住了,你必须知道的微生物分选策略
- 微生物,这些微小的生物体在我们的生态环境中扮演着至关重要的角色。
-
- 突破未培养微生物研究瓶颈丨微生物多维表型检测与可视化精准分选平台下的微生物单细胞筛选培养
- 采用微生物单细胞可视化检测与分选系统,在单细胞层面上实现目标菌的识别,并精准、无损地将其从群落中筛选出来。
-
- 突破未培养微生物研究瓶颈丨微生物多维表型检测与可视化精准分选平台下的微生物单细胞筛选培养
- 采用微生物单细胞可视化检测与分选系统,在单细胞层面上实现目标菌的识别,并精准、无损地将其从群落中筛选出来。
-
- 功能菌筛选技术方案(一)丨微生物多维表型检测与可视化精准分选平台下的微生物单细胞筛选培养
- 采用微生物单细胞可视化检测与分选系统,在单细胞层面上实现目标菌的识别,并精准、无损地将其从群落中筛选出来。
①本文由仪器网入驻的作者或注册的会员撰写并发布,观点仅代表作者本人,不代表仪器网立场。若内容侵犯到您的合法权益,请及时告诉,我们立即通知作者,并马上删除。
②凡本网注明"来源:仪器网"的所有作品,版权均属于仪器网,转载时须经本网同意,并请注明仪器网(www.yiqi.com)。
③本网转载并注明来源的作品,目的在于传递更多信息,并不代表本网赞同其观点或证实其内容的真实性,不承担此类作品侵权行为的直接责任及连带责任。其他媒体、网站或个人从本网转载时,必须保留本网注明的作品来源,并自负版权等法律责任。
④若本站内容侵犯到您的合法权益,请及时告诉,我们马上修改或删除。邮箱:hezou_yiqi
参与评论
登录后参与评论