晶体日记(四)- 眼不见心不烦?
不知道从什么时候开始,Squeeze就成了精修结构的神技,在很多同学眼里,Squeeze成了降低R1值的杀技。甚至不无序的溶剂也草率地用挤压一做了之,眼不见心不烦。说白了就是“懒”,然后振振有词的说,反正checkcif通过了。操作为先的学习模式下,很多同学在不懂Squeeze的原理的时候,竟然错误地认为Squeeze是“删除”Q峰的操作。不管什么情况,如有残余的Q峰很大,就上Squeeze来处理...
Squeeze本身是为了让晶体学工作者摆脱无意义的劳动带来的烦恼(彻底的溶剂无序),然而却被滥用成了“偷懒”的工具。甚至很多反常的结构(包括很多已经发表的结构),完全是挤压造成的...
举个例子,之前遇到的一个数。在拿到res文件的时候,我觉得很神奇。结构乍一眼看起来没什么问题,但是诡异的是分子之间间距很远,没什么相互作用,让人怀疑这个晶体是如何生长出来的。hkl文件看起来也挺好,信噪比,Rint都符合同学们的喜闻乐见。而且确定没有孪晶,但就是R1值很高,将近30%,居高不下。问题是高的Q峰也不过1.1。这是如何发生的?
一切皆有原因,超高的GOOF值,也意味着这个结构模型肯定有问题。果不其然,在查看了原始的数据之后,很快发现这个数据已经是被做过手脚的。做过了挤压,但是并没有重新命名,而是用了原本的hkl文件的名字。好在现在版本的PLATON-Squeeze保留了原始数据的hkl,而不是之前的版本修改了hkl(我十分赞同的这个改动,让很多假的数据现出原形)。所以在去除了ABIN指令后,我惊奇的发现,这个Squeeze起了好大的作用啊...周围很大Q的峰立即显现出来。但是不知道是什么分子。
于是干脆重新解析,原来原本主体分子的周围分散了好多DMSO分子。
想想还是科普下Squeeze吧。
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