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还在为RNA提取头疼的苦主们,看完这篇你就悟了!

发布:艾本德中国 Eppendorf China
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科研人员通过对 RNA 的功能研究,可以深入了解生命体内的基因表达和转录调控。通常会将提取出的 RNA 转化为更为稳定的 cDNA,再通过分子克隆、qPCR、文库构建等技术做进一步研究。所以高质量的 RNA 提取和高效稳定的反转录是后续实验顺利进行的必要前提。

RNA 可以通过多种方法进行分离提取,其中 Trizol 法是一种既经济、得率高又适用范围广的总 RNA 手工提取法。


例如提取细胞中的 RNA 时,

一般有如下几个步骤:

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1

细胞裂解

将培养后的贴壁细胞去培养基,并PBS洗涤后,废弃上清

根据细胞数量加入 Trizol,一般 6 孔板每孔加 1 mL,室温裂解 10 分钟


2

液相分离

将裂解完成后的液体转移至 ep 管,加入 200 μL  氯仿,盖紧管盖剧烈震荡 15 秒,室温静置 3 分钟

提前预冷离心机至 4℃,将静置后的 ep 管 12,000 x g,4℃,离心 10 分钟

此时样品会分为 3 层,水相、中间相、有机相,提取的 RNA 溶解在水相中


3

RNA 沉淀

移取水相溶液至新 ep 管,并加入等体积异丙醇,混匀后室温放置 10 分钟

再 12,000 x g,4℃ 离心 10 分钟,获取白色沉淀


4

洗涤干燥

加入 1 mL 75% 乙醇洗涤沉淀,7,500 x g,4℃,离心 5 分钟,弃上清(洗涤 2 遍)

洗涤完成后弃去全部上清,倒扣干燥 RNA 沉淀 2-3 分钟

加入无酶水重悬沉淀即可获得 RNA 溶液,后续可进行含量测定或 -80℃ 保存







提取出来的 RNA 通常配合反转录试剂盒和 PCR 仪进行反转录,从而获取更为稳定的 cDNA。一定要注意试剂盒中不同试剂的配比反应体系的准确配置以及 PCR 程序的准确设定,以确保反转录精准顺利进行。


以上实验每一环节的操作都需谨慎细致,以最大程度保证 RNA 的完整性与活性。在此,小 E 和大家分享下在离心、样品保存和 PCR 反转录过程中的关键技术点。


1

在提取过程中,离心步骤至关重要

操作时务必关注离心温度与时间,确保在不影响RNA稳定性的前提下有效分离样本组分。离心温度应保持 4℃ 低温,使用无酶的 ep 管,以防 RNA 降解,同时避免过久离心导致RNA受损。

推荐使用小 E 家的 5425 R 高速冷冻离心机,该设备拥有优异的温度控制系统和精确的时间管理功能,能在最高转速下(15,060 rpm)稳定维持 4℃,有效保护 RNA 不受温度影响。离心结束后会自动开启计时功能,帮助掌握样品处理时间,更好避免样品损失。

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2

提取和储存阶段的降解问题

应引起高度重视

RNA 会与 ep 管的管壁产生黏附,这会降低离心效果及结果准确性。建议使用无核酸酶的低吸附材质离心管,如小 E 家的  LoBind 低 DNA 吸附离心管,可以减少提取和储存过程中 RNA 的损失,且无酶、无 RNA、无其他析出物干扰后续实验。

此外,储存环境的温度波动也会引起 RNA  的降解。使用带管理权限的超低温冰箱,如 Eppendorf F740hi,电子门锁仅允许特定授权人员打开冰箱,可以防止随意频繁开关门造成的温度波动。复温速度快也可减少温度波动对样品的不良影响



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3

提取后反转录时,注意严格控制温度

尤其要关注变性、退火和延伸阶段的温控精准性,这对反转录反应的成功至关重要。Mastercycler X40 梯度 PCR  仪的模块温控精准度高达 ±0.15℃,可确保在设定的温度下精准、高效转录,同时有效避免非特异性产物。在反转录时还要防止样品蒸发,SafeLid 热盖可以根据不同规格耗材施加理想的压力,避免样品蒸发的产生,提高后续实验操作的有效性。

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小 E 在此还要特别提醒做 RNA 相关实验的小伙伴们一定要记得实验全程戴好口罩和手套,使用无酶的耗材(吸头和离心管)和试剂,尽可能低温离心,选择温控精准的 PCR 仪,从而避免外源 RNA 酶导致样品降解,避免过高的温度导致 RNA 降解,避免温控不精准造成反转录实验失败。

 

提取 RNA 的实验耗时很久,有的时候还不能拿到满意的结果,希望小E的这篇详细指南能帮大家梳理实验关键点,取得满意的结果!


2024-06-13
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