病原微生物是指可以侵犯人体、引起感染甚至传染病的微生物，或称病原体。病原体中，以细菌和病毒的危害性最大。病原微生物指朊毒体、寄生虫（原虫、蠕虫、医学昆虫）、真菌、细菌、螺旋体、支原体、立克次体、衣原体、病毒。
病原微生物检测除了传统的培养、酶免、血清学等方法以外，目前主要涉及到定量 PCR 和二代测序（宏基因组测序，mNGS），检测机构主要为疾控、医院和第三方医学检验所。