多种研究手段在刻画生物组织构成中发挥作用，但也都存在一定程度的局限性，比如高通量测序技术包括新兴的空间转录组能够揭示细 胞的基因组和转录组差异，却无法可视化细胞间的形态特征；流式细胞术能够筛选分析多种细胞型组分，却无法得知细胞的形态与空间 位置信息；传统免疫组化能够直观标记某个蛋白的分布与表达，然而标记数量有限；通过连续切片技术虽然可实现多标，但是存在一定 的误差，非意义上的单细胞多标。 多重免疫荧光技术在生物组织分析中具有独特优势，能够突破常规免疫荧光抗体种属限制，可实现在一张切片实现多个靶标（≥9色） 的标记，并能对细胞的表型、细胞间的原位空间信息、生物组织的生态群进行定量分析，更为有研究价值。2019年《JAMA Oncol》 发表的一项研究显示，多重荧光免疫组化技术比目前广泛使用的技术PD-L1 IHC、基于下一代测序的肿瘤突变负荷(TMB)和基因表达谱 (GEP)具有更高的预测价值。