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- 墨尐颜爬 2016-08-21 00:00:00
- 如果您指的是DNA二代测序建库时需要打断成特定长度的片段的话,是因为不同仪器的测序读长是不一样的,因此在建库过程中所需要的插入片段长度也有一定的限制,比如对于Illumina平台来说,DNA插入片段的长度一般在400-500bp左右,如需测通的话,这。
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你的自动化NGS文库构建真的全自动简单易用吗?
高通量测序技术广泛应用到产前诊断、肿瘤临床诊断、遗传学疾病检测、药物基因组学检测等各个领域。其中湿实验NGS建库因为流程复杂、步骤繁琐、耗时长等因素,自动化移液工作站代替人工已经被测序行业广泛采用。搭建成熟稳定的自动化建库平台需要经过编辑、测试、优化,方能投入使用,还可能面临处理样本数量不够灵活和以8为倍数制样的试剂浪费,有时还伴有手工半自动操作,需要培养熟练的设备管理人员等问题。
贝克曼库尔特生命科学特推出的Biomek NGeniuS全自动文库制备系统,具备简单易用的防错设置、无人值守的自动化处理、以全新的方式开启“一键式自动化”NGS。今天小贝将为你揭秘Biomek NGeniuS是如何实践极简主义,用一个按钮进行自动化建库。
图1. Biomek NGeniuS 全自动文库制备系统
一键开启NGS自动化建库
Step.1
免编应用程序 轻松设置方法
在Biomek NGeniuS Portal,支持您从NGeniuS电子应用程序库中直接选择需要使用的方法,无需方法编辑调试优化。您可以输入今日运行的批次名称、样本数量,灵活地调整建库投入量, PCR循环数,磁珠晾干时间等细节参数,并选择建库实验的安全起始点。
Step. 2
工作辅助材料 帮助试剂准备
完成实验设置后,可下载打印工作辅助表,根据表单提示准备所需试剂。
Step.3 拨动导航转盘 一键运行你的实验
Biomek NGeniuS主机的实验运行仅需控制一个唯 一的导航转盘。实验批次的信息和选择菜单将显示在背部的24英寸平视显示界面中,视图清晰简洁,内容一目了然。
图2. Biomek NGeniuS导航转盘与平视显示界面
首先,平视显示器所示的信息将指引您完成建库实验的试剂、耗材摆放。Dynamic DeckOptix光学分析技术将自动实时识别耗材种类与摆放位置是否正确,避免耗材摆放错误的发生。OCR(光学字符识别技术识别)技术,则帮助识别试剂盒标签,判断试剂使用是否正确。
随即Biomek NGeniuS通过液面探测技术,自动判断试剂管内试剂量是否足够并进行试剂分装。分装完成的试剂盒可收回冰箱存储。NGeniuS即可开始建库实验,平视显示器将同步显示建库完成时间。配合内置热循环仪,机械手搬运系统以及温控模块,NGeniuS 支持全流程无人值守。您可以通过Biomek NGeniuS Portal软件远程实时查看,随时随地掌握实验动态,合理安排实验室工作进度。
不断丰富的应用程序库
Biomek NGeniuS不需要进行建库试剂盒方法的编辑,直接从应用程序库里面下载开发完成的应用程序即可使用。同时,贝克曼库尔特生命科学旨在不断丰富应用程序,相继与IDT, Illumina, AmoyDx,Pillar Biosciences等基因测序和分析解决方案公司签订应用开发协议,在 Biomek NGeniuS全自动文库制备系统上开发应用程序,持续扩展电子应用程序库列表,满足科研端及临床转化不断迭代变化的试剂盒方法需求。
- 第三届全国NGS建库技能大赛
第三届全国NGS建库技能大赛(The Third National NGS Library Preparation Skills Competition,简称NLPSC)已于2020年10月19日在上海市肺科医院正式开始,目前正在紧锣密鼓的进行中。
高通量新一代测序技术(NGS)的发展与成熟,使得当前的YL模式迈向了新的JZYL模式。目前NGS技术已经开始应用于常规的临床实践,应用领域包括无创产前检测、肿瘤、胚胎植入前遗传学诊断/筛查、遗传病、药物基因组等。为了促进NGS临床应用,提升业内人员的NGS建库技能与质量的控制,2018年和2019年ZG遗传学会遗传诊断分会和上海市临床检验ZX成功联合举办了两届全国NGS建库技能大赛。大赛为NGS技术在临床应用以及推动诊断技术创新升级提供了良好的交流平台,助力我国YL诊断事业的前行与发展。
本次大赛的参赛队伍是从“2020年新一代测序NGS技术培训班”优秀学员中直接遴选出来,并将参加2020年11月28日“ZG遗传学会遗传诊断分会年会”的分会场“NGS理论知识竞赛”。大赛邀请行内业知名专家学者参与评审,ZZ按照总成绩评出获奖团队,并对参赛团队进行奖励和表彰。
NGS理论知识竞赛为决赛部分,主要考察参赛队伍对NGS技术(包含组织NGS检测,液态活检,NGS检测过程中常见问题等)的理论和临床应用认知程度,以现场考卷和现场抢答的形式进行,题型为必答题和抢答题,共50题,必答题20道,抢答题30道。知识竞赛成绩占总分的30%。比赛成绩及结果将在现场公布。
● 知识竞赛时间:2020年11月28日。
● 大赛颁奖时间:2020年11月29日。
奖励办法:
● 一等奖1个(5000元)
● 二等奖3个(各3000元)
● 三等奖5个(各2000元)
● 优胜奖11个(各500元)
单项奖如下:
● 报告质量奖1个(1000元)
● 知识竞赛奖1个(1000元)
厚泽生物作为全国NGS建库技能大赛的合作支持单位,公司产品——Qsep系列全自动核酸蛋白分析系统已经连续两届作为大赛指定的NGS质控设备,此次大赛我们依旧没有缺席,在“第三届全国NGS建库技能大赛(The Third National NGS Library Preparation Skills Competition,简称NLPSC)”期间du家提供NGS质控设备Qsep系列全自动核酸蛋白分析系统,为支持国内各检测机构提高NGS检测能力水平,促进NGS实验的更高标准化进程助力。
实操比赛现场
Qsep系列全自动核酸蛋白分析系统,采用可抛弃式的预制胶卡夹,即插即用,全自动进样,无须人工制胶、灌胶、上样,免去了手工制胶的繁琐,能让一般用户在短时间内学会操作系统,并自动分析样品得出结果。可用于DNA、RNA和蛋白检测 ,通量灵活,可处理1-100个任意个数样本。且具有单通道和四通道型号仪器,可满足不同用户需求,单次使用样本量极少,且ZD检测限为pg级。在本次大赛中,Qsep系列产品将完成建库前基因组和FFPE样本质控,以及扩增子文库和捕获文库质控的任务,为参赛选手提供文库质控服务,分析构建文库的质量。
- 基因测序后建库还有必要性吗
- 吉时利源表2600系列如何助你降低测试成本
消费电子产品,如手机、PDA、数码相机以及便携式娱乐系统,正在变得更小、更快和更便宜,而且这类新产品的面市时间也比以往更短了。为了与时俱进,半导体、无源和有源器件行业正不断推动其研发工艺向集成度和复杂度更高的水平进步。这种在更小的空间内集成更多电路技术的进步,实现了在系统芯片(SoC)上集成模拟、数字甚至射频电路。类似地,分立器件制造商也在单一芯片上集成了多个部件,从而实现更高的电路密度。
通常,随着待测器件(DUT)复杂度的增加,所需的测试数量和复杂程度也随之增加。对于电子和电气部件测试制造商来说,为了降低整个制造成本,必须千方百计地降低测试成本,这往往使他们面临压力,这可能是一个重大问题。尽管增加测试吞吐量对于降低测试成本至关重要,但这只是其中的一部分。降低测试成本通常意味着使用较少的工厂占地面积、在更短的时间内测试更多的器件。它还意味着更GX地使用和重用测试设备。
对于测试系统设计来说,这些要求对降低测试成本意味着什么呢?
• 更多的管脚数量和更高的测试复杂度要求在有限的空间内为测试系统分配更多的资源和测试通道,使得系统密度日益重要。
• 新部件研制步伐加快,为每个新部件设计专用系统如果不是不可能,也已经变得不切实际了。为了测试多个器件类型以及利用最小的系统重新设计满足新器件需求,迫切需要灵活、可扩展和可重构系统。
• 要尽可能地使用商用可用的测试设备,而不是定制设备,实现设备重用的zui大化。
• 具有并行测试能力的多通道测试系统允许对复杂IC或SOC的不同部分进行并行测试,能够大大提高吞吐量。
• 另外一个提高吞吐量的方法是:使用那些允许将完整的测试程序下载到仪器内存的仪器,从而使系统控制器用于执行其他功能。
直到最近,也几乎没有为多通道源测量应用而优化的解决方案——测试工程师只好选择以下的解决方案:
• 利用PC控制,实现基于仪器的相对简单但较慢的系统。
• 利用定制触发器、数字I/O和通信控制器,实现基于仪器的快速但复杂的系统。
• 基于大型机的高度集成且快速的系统,这往往性价比很低,且占用空间很大。
吉时利公司的2600型系统数字源表提供了第四个解决方案,该方案集支架和堆栈仪器的可扩展性和灵活性以及基于主机系统的集成度和高吞吐量于一体。2600型系统数字源表扩展了吉时利公司推出的2400系列数字源表的能力。
如需了解吉时利源表2600系列产品详细介绍或者产品应用欢迎访问安泰测试网。
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