分析型超速离心(AUC)文献快报-12月刊
Cyclization studies of Japanese encephalitis virus non-coding RNA terminal regions
乙型脑炎病毒非编码RNA末端区域的环化研究
发表日期:February 2, 2022
DOI:https://doi.org/10.1101/2022.02.01.478553
摘要:许多黄病毒如登革热病毒和西尼罗河病毒在其 5' 和 3' 末端区域 (TRs) 进行必要的远程相互作用,由保守的互补环化序列介导。然而,我们缺乏对日本脑炎病毒 (JEV) 的这种远程相互作用的深入了解。在这里,我们使用了涉及计算和生物物理工具的广泛、多方面的方法。我们进行了多角度光散射 (SEC-MALS) 来确定 JEV TR 的绝 对分子量,它们的复合物得出结论它们形成 1:1 复合物,并使用分析超速离心 (AUC) 证实了这种相互作用。微型热泳 (MST) 实验表明,JEV 的 5' 和 3' TR 与 nM 亲和力相互作用,在没有保守环化序列的情况下显着降低。据我们所知,这是第 一项代表应用三种关键生物物理方法(AUC、MST 和 SEC-MALS)研究 RNA-RNA 相互作用的研究。此外,我们进行了计算动力学分析,证实了我们的 MST 研究表明环化序列在 RNA-RNA 相互作用中的重要作用。这种生物学关键事件的结合亲和力是一个重要的药理学特征,可以影响治 疗的潜在竞争性抑 制。这一证据还可以影响旨在抑 制保守黄病毒环化的药物干预,从而中断黄病毒家族的复制。
仪器型号:Optima AUC 紫外(UV)检测系统
从沉降速率-分析超速离心获得的 JEV 5' TR 和 3'TR 的沉降分布图
实验条件:
JEV 5' TR 和 3' TR 的 AUC 沉降速度数据是使用 Beckman Optima AUC 离心机和 AN50-Ti 转子在 20°C 下收集的。
将 JEV 5'TR(214 nM,0.5 OD @260 nm)、JEV 3'TR(224 nM,0.5 OD @260 nm)和 JEV 5'TR 和 3'TR 样品的 1:1 混合物加载到 2 通道Epon树脂中心件。
以每分钟 25,000 转的速度离心样本,并以 20 秒的间隔收集扫描结果。
使用 UltraScan-III 软件包通过内部超级计算机计算分析所有数据。我们使用二维频谱分析 (2DSA) 分析 SV-AUC 数据,同时去除时变噪声、弯液面和底部位置,然后进行增强的 van Holde-Weischet 分析。我们用 UltraScan 估计了缓冲液密度和粘度校正(分别为 1.0269g/cm3 和 1.293 cP)。所有流体动力学参数均在 20°C 和水条件下校正为标准条件。
REFERENCE
Tyler Mrozowich, Sean M. Park, Maria Waldl, Amy Henrickson, Corey R. Nelson, Borries Demeler, Ivo L. Hofacker, Michael T. Wolfinger, Trushar R. Patel Cyclization studies of Japanese encephalitis virus non-coding RNA terminal regions.bioRxiv 2022.02.01.478553
Competitive inhibition of the classical complement pathway using exogenous single-chain C1q recognition proteins
利用外源性单链C1q识别蛋白竞争性抑 制经典补体通路
发表日期:January 12, 2022
DOI: doi.org/10.1016/j.jbc.2022.102113
摘要:补体亚基C1q是一种先天免疫系统的蛋白复合体,具有特征良好的免疫结合特性,是构成经典补体通路的重要部分。Z 近的研究发现不管是健康的还是神经退行性疾病的大脑中,C1q在中 枢神经中具有突触消除的作用。然而,c1q相关的突触吞噬分子机制还不清楚。在这里,我们设计了单体和多聚体的蛋白质结构,包括球形头部的小鼠C1q的识别部位(C1q球状部分[gC1q]) 而缺乏胶原样结构的尾部的一条的单链分子(sc-gC1q蛋白)。这些在大肠杆菌表达系统中表达的分子能竞争性抑 制C1q的功能,我们通过质谱、分析型尺寸排阻色谱,分析型超速离心机,CD光谱,和ELISA等技术对其结构和结合已知补体通路激活物的能力进行表征。我们进一步使用SPR技术分析了这些分子和免疫球蛋白、神经元之间的相互作用。Z 终,我们发现sc-gC1qs能够特异性的抑 制C1q的活性。此外,sc-gC1qs与C1q相互竞争结合在胚胎神经元细胞膜上。我们通过sc-gC1qs的体内实验揭示了C1q在神经元的定位和功能方面的作用,具有潜在的抑 制剂治 疗的用途。
目的:用于表征sc-gC1q蛋白的均一性和聚集状态。
仪器型号:Optima XL-1
sc-gC1q(蓝绿色)、sc-gC1q2(紫色)和sc-gC1q3(粉色) 在分析型超速离心实验中沉降系数的分布情况。计算得到的sc-gC1q分子质量为49.9±0.4 kDa与由氨基酸序列计算的理论分子量47,811 Da有很好的一致性。sc-gC1q2 分子质量为94.9 ± 0.6 kDa,大部分为二聚体形式,只有少部分以单体存在。sc-gC1q3分子质量51.1±0.5 kDa,也基本以单体存在。
实验条件:
对蛋白样品进行透析,缓冲液为50mm磷酸钠,200mm NaCl,测量前的pH值为7.5。
25 ℃下3000 rpm (700g) 离心20 min稳定温度,之后45,000 rpm (156,000g)离心,237 nm吸收光检测,步进0.003 cm,间隔10 min。
SEDNTERP计算溶液粘度和密度,SEDFIT拟合结果。
REFERENCE
Laue, T., Shah, B., Ridgeway, T., and Pelletier, S. (1992). In Computer aided Interpretation of Sedimentation Data for Proteins, Royal Society of Chemistry, Cambridge, U.K
Brown, P. H., and Schuck, P. (2006) Macromolecular size-and-shape distributions by sedimentation velocity analytical ultracentrifugation. Biophys. J. 90, 4651–4661
Amphiphilic Diblock Copolymers Bearing Poly(Ethylene Glycol) Block: Hydrodynamic Properties in Organic Solvents and Water Micellar Dispersions, Effect of Hydrophobic Block Chemistry on Dispersion Stability and Cytotoxicity
含聚(乙二醇)嵌段的两亲二嵌段共聚物:有机溶剂和水胶束分散体系中的水动力学性质,疏水嵌段化学对分散稳定性和细胞毒性的影响
发表日期:16 October 2022
DOI:https:// doi.org/10.3390/polym14204361
摘要:
尽管两亲性嵌段共聚物已经通过各种方法在普通溶剂和水分散体系中进行了详细的研究,但它们的流体动力学描述仍不完整。在这篇论文中,作者提出了一个详细关于六种二嵌段共聚物流体动力学研究的方法,采用动态光散射,粘度法,分析型超速离心法研究了嵌段共聚物在四氢呋喃有机溶剂和水胶束体系中的分布状态。此研究对于生物医学,细胞毒性研究都有重要意义。
目的:利用分析超速离心(AUC)进行二嵌段共聚物聚集性与流体动力学研究
仪器型号:XL-I,An-60Ti,12mm铝制中心件,2孔树脂中心件
A:在20°C的四氢呋喃溶液中PS-b-PEG,PMMA-b-PEG, PE-b-PEG的沉降系数分布图
B:在20°C的四氢呋喃溶液中PBd-b-PEO, PDMS-b-PEO, PCL-b-PEO的沉降系数分布图
实验条件:
实验使用贝克曼 ProteomeLab XL-I 分析型超速离心机,沉降速率法,An-60Ti 4孔转头,12mm铝制中心件 (THF solutions), 2孔树脂中心件(H2O, D2O/H2O)
转速设置范围为15,000–60,000 rpm, 取决于不同试剂的具体实验需求。在四氢呋喃溶液中使用Z 大转速。
样品与Buffer加样量为420,20°C平衡温度2h。
使用干涉光学系统进行检测
使用 SEDFIT 软件c(s)模式分析数据
REFERENCE
Elistratova, A.A.; Gubarev, A.S.; Lezov, A.A.; Vlasov, P.S.; Solomatina, A.I.; Liao, Y.-C.; Chou, P.-T.; Tunik, S.P.; Chelushkin, P.S.; Tsvetkov, N.V. Amphiphilic Diblock Copolymers Bearing Poly(Ethylene Glycol) Block: Hydrodynamic Properties in Organic Solvents and Water Micellar Dispersions, Effect of Hydrophobic Block Chemistry on Dispersion Stability and Cytotoxicity. Polymers 2022, 14, 4361. https:// doi.org/10.3390/polym14204361
全部评论(0条)
推荐阅读
-
- 分析型超速离心(AUC)文献快报-9月刊
- 分析型超速离心(AUC)文献快报-9月刊
-
- 分析型超速离心(AUC)文献快报-8月刊
- 分析型超速离心(AUC)文献快报-8月刊
-
- 分析型超速离心(AUC)文献快报-7月刊
- 天然糖肽类抗生素替考拉宁常用于治 疗严重的革兰氏阳性细菌感染,可被静脉注射,肌肉注射,局部使用(眼部感染),或口服。它也被认为是靶向SARS-CoV-2病毒感染的潜在药物。
-
- 分析型超速离心(AUC)文献快报-6月刊
- 分选单手性对映异构体是单壁碳纳米管(SWCNT)纯化的最终目标。在本研究中,我们采用双水相萃取(ATPE)以有限的实验步骤获得高纯度(>80%)左旋和右旋(6,5)手性SWCNTs。
-
- 分析型超速离心(AUC)文献快报-11月刊
- 利用分析超速离心(AUC) 检测IgG4 mAb1中二聚体的沉降系数及百分比
-
- 分析型超速离心(AUC)文献快报-10月刊
- 通过细胞膜渗透机制杀死细菌的一种新的隐密梭状芽胞杆菌肽
-
- Q&A | AUC分析超速离心技术应用交流会
- 本届AUC应用交流会围绕病毒载体表征及蛋白质研究等热门应用话题,重 点关注结构生物学及基因治 疗行业的发展及技术趋势。
-
- 2024分析型超速离心技术沙龙成功举办
- 近日,2024分析型超速离心技术沙龙在厦门大学翔安校区成功举办。
-
- 2024年分析型超速离心技术沙龙第一轮通知
- 2024年分析型超速离心技术沙龙第一轮通知
-
- 会议通知 | 第三届中国分析型超速离心技术研讨会
- 会议通知 | 第三届中国分析型超速离心技术研讨会
-
- 第二届中国分析型超速离心技术研讨会成功召开
- 本次研讨会共邀请了来自清华大学、中国科学技术大学、厦门大学、中科院生物物理所、北京师范大学以及贝克曼库尔特国际贸易(上海)有限公司等10余位知名专家学者给予研究报告。
①本文由仪器网入驻的作者或注册的会员撰写并发布,观点仅代表作者本人,不代表仪器网立场。若内容侵犯到您的合法权益,请及时告诉,我们立即通知作者,并马上删除。
②凡本网注明"来源:仪器网"的所有作品,版权均属于仪器网,转载时须经本网同意,并请注明仪器网(www.yiqi.com)。
③本网转载并注明来源的作品,目的在于传递更多信息,并不代表本网赞同其观点或证实其内容的真实性,不承担此类作品侵权行为的直接责任及连带责任。其他媒体、网站或个人从本网转载时,必须保留本网注明的作品来源,并自负版权等法律责任。
④若本站内容侵犯到您的合法权益,请及时告诉,我们马上修改或删除。邮箱:hezou_yiqi
最新话题
最新资讯
- 会议新闻 | 理加联合参加ECO-LAB与第十三届中国生态学家俱乐部学术论坛
- 小道快讯 ▏长步道9月度优秀员工表彰公告
- 【明美视角】诺贝尔化学奖背后的突破:微观成像与蛋白质科学的未来
- 科技赋能 产业升级 | 2024年石油化工科技装备会成功举办!
- 明美活动快讯|第七届中国秀丽线虫学术大会第一天
- 会议快讯!相约成都,上海新诺将参加中国稀土学会2024学术年会
- 安装案例 | 河南科技大学农学院Smartchem 450全自动化学分析仪 安装培训
- 仪器培训 | ASD地物光谱仪操作培训班(第八期)
- 倒计时3天丨第四届水质高光谱遥感新技术交流研讨会即将隆重启幕!
- 光谱流式新品来了!小贝与您相约全国免疫学学术大会
作者榜
参与评论
登录后参与评论