美国应用生物系统公司StepOne实时PCR扩增仪配备的软件在Windows XP操作系统上运行，并提供仪器控制、数据采集和数据分析等功能。软件采用用户易用的直观界面，包括以下功能：
实验设计向导，帮助设计和设置实验；
移液方案和配方，用于快速设置实验；
高级设置，适用于需要灵活性以便进行更复杂应用（如多重反应）的高级用户；
快速启动设置，允许您立即启动实验并于稍后设置反应板信息；
实时监视扩增增长曲线，让您即时查看实验进程；
远程实时监控，可从一台远程计算机监控实验进程；
电子邮件通知，在实验已开始或结束时提醒您；
自动基线和自动阈值功能令数据分析得以简化；
自动单核苷酸多态性基因分型识别功能，具有直观的图表输出和量值分配特性；
工具提示功能，当查看扩增曲线或单核苷酸多态性基因分析图谱时，易于识别样本反应孔；
故障排除标记，帮助您诊断并解决实验中出现的问题；
多图谱视图，可同时从四个透视图数据；
简便的剪切和粘贴功能。