Bruker ProteoScape基本操作步骤
Bruker ProteoScape?（BPS）是以GPU驱动的软件平台，为 Bottom-Up 蛋白质组学提供多通道并行计算能力和实时数据库搜索结果。
壹.
1. 地址栏输入bps.local，填写ID & Password，登录主界面；
2. 点击Enter进入主界面菜单，选择Projects，点击Add Project；
3. 命名新建的Project，点击Add，保存完成；
贰.
选择Workflow
1. 在已建好的Project这行，点击Samples，进入Configuration界面；
2. 点击Manage Configuration，再点击加号“+”，出现New Configuration界面，点击Choose Workflow图标，进入参数编辑界面；
3. 点击Edit，可更改“New Configuration”的名称；
4. 在Workflow界面中，选择一个需要的搜库工作流；包括DDA-PASEF，DIA-PASEF，diagonal-PASEF；其中DIA-PASEF嵌入了Spectronaut 19以及TIMS-DIANN软件；
设置Parameters
5. 点击“+”, 新建New Parameters，建立DDA-PASEF搜库参数，分别选择 Prolucid，TIMSrescore，pgFDR，summary-results，填写好搜库参数；
点击Edit，可以更改“New Parameters”的名称；
6. 点击“+”, 新建New Parameters，建立DIA-PASEF搜库参数，分别选择Spectronaut? processing，Summary ID，填写好搜库参数；
点击Edit，可以更改“New Parameters”的名称；
添加FASTA数据库
7. 点击“+”, 新建New FASTA，选择所需FASTA数据库，再点击Import FASTA Files导入；点击Edit，可更改名称；
保存Configuration
8. 检查Wrokflow，Parameters，FASTA准确无误，点击Apply Configuration保存配置；
9. 同一个Project下，可以有多个Configuration，可编辑不同的搜库方法；刷新界面后，生成新的BPS Token，点击Copy to Chipboard复制；
叁.
1. 在Sample Table中新建BPS Token这一列，将Copy to Chipboard的Token,复制到Hystar列表中；
2. 同时，MS Methods也需要选择后缀带有proteoscape.m的方法；可通过右键单击选中需要转换的方法，点击Convert to BPS enabled method将方法转换后即可调用；
转换后的方法eg：DDA PASEF-standard_1.1sec_cycletime.proteoscape.m
肆
1. 在Home首页中，可以看到正在Running以及Completed的样品；
2. 在Projects的Samples页面中，也可以看到正在Running的样品；
3. 在Projects的Samples页面中，搜库完成的样品，刷新后可以显示出Protein Groups 和 Peptides的结果；
注：1. 推荐使用Microsoft Edge浏览器，登陆Account之前，选择InPrivate无痕浏览模式，即可顺畅登陆不同的账号；
布鲁克（北京）科技有限公司
地址：北京市海淀区西小口路 66 号
中关村东升科技园
客户服务电话：400 810 1099
https://www.bruker.com
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