截面抛光是FIB主要用途之一。所谓截面抛光就是利用离子束将样品剖开观察内部的结构，从而分析样品内部的微观组织或缺陷。如下图所示，为了分析焊接界面处的产物，需要将焊接处剖开，从而可以对界面进行成份和晶体结构进行研究。