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一、DNA带模糊

原因：

1.DNA降解；

2.电泳缓冲液陈旧；

3.所用电泳条件不合适；

4.DNA上样量过多；

5.DNA样含盐过高；

6.有蛋白污染；

7.DNA变性。

解决办法：

1.避免核酸酶污染；

2.电泳缓冲液多次使用后，离子强度降低，pH值上升，缓冲能力减弱，从而影响电泳效果。建议经常更换电泳缓冲液；

3.电泳时电压不应超过20V/cm，温度<30℃;巨大DNA链电泳，温度应<15℃;核查所用电泳缓冲液是否有足够的缓冲能力；

4.减少凝胶中DNA上样量；

5.电泳前通过乙醇沉淀去除过多的盐；

6.电泳前酚抽提去除蛋白；

7.电泳前勿加热，用20mM NaCI缓冲液稀释DNA。

二、带弱或无DNA带

原因：

1.DNA的上样量不够；

2.DNA降解；

3.DNA走出凝胶；

4.对于EB染色的DNA，所用光源不合适。

解决办法：

1.增加DNA的上样量；聚丙烯酰胺凝胶电泳比琼脂糖电泳灵敏度稍高，上样量可适当降低；

2.避免DNA的核酸酶污染；

3.缩短电泳时间，降低电压，增强凝胶浓度；

4.应用短波长（254nm）的紫外光源。

三、DNA带缺失

原因：

1.小DNA带走出凝胶；

2.分子大小相近的DNA带不易分辨；

3.DNA 变性；

4.DNA链巨大，常规凝胶电泳不合适。

解决办法：

1.缩短电泳时间，降低电压，增强凝胶浓度；

2.增加电泳时间，核准正确的凝胶浓度；

3.电泳前请勿高温加热DNA链，以20mM NaCl Buffer稀释DNA；

4.在脉冲凝胶电泳上分析。