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经典磁珠一文解读:AMPure XP纯化实用技巧

贝克曼库尔特商贸(中国)有限公司 2023-06-09 11:39:07 292  浏览
  • 基于SPRI技术的AMPure XP,采用超顺磁磁珠帮助纯化核酸片段,被广泛应用到NGS行业,PCR体系、酶切、连接反应体系的纯化。作为行业的“金标准“试剂盒,AMPure XP有哪些高频Q&A问题呢?


    AMPure XP怎么纯化长片段?

    怎么提高我的样本得率?

    产物纯度有什么优化的方向吗?

    我可以选择纯化250 bp的那一条条带吗?


    小贝总结了10条AMPure XP Q&A问题实用技巧:



    1、乙醇比例

    乙醇溶液必须至少70%。当将100%乙醇稀释至70%时,请确保在配置溶液合并之前分别测量水和乙醇的体积。用水补齐乙醇的稀释方式会导致浓度低于预期。请确保存储的乙醇在不使用时保持瓶盖拧紧。


    2、充分的混合

    在最 初磁珠与样品结合和洗脱混合期间,彻底的混合至关重要。可用略低于总孔体积的吸头进行混合。洗脱时,需要注意最 小洗脱体积(96孔规格为40 μL,384孔规格为15 μL),以确保磁珠充分重悬。还应保持足够的孵育时间,以确保核酸有足够的时间与磁珠结合或解离。由于样品的粘度,结合过程中的涡旋可能效率不高。


    3、大反应体系

    大体积反应可以采用更长的样品&磁珠结合和磁分离时间。可将binding结合时间增加到10分钟,并确保在弃上清液之前所有的磁珠均被充分磁分离。


    4、避免实验中磁珠损失

    如果在弃清液的过程中磁珠被吸入枪头,结合在这些磁珠上的核酸则会在这个步骤损失掉。首轮移除上清时,缓慢轻柔地操作,尽可能多地移除清液,同时确保不会干扰磁珠在磁环/磁力架上的吸附。如果意外吸出磁珠,请将所有磁珠重新打回孔中,让磁珠重新磁吸。随后,再度移除上清,尝试缓慢吸液或使用更细的枪头。小体积样品更容易受到磁珠损耗的影响,因为磁珠可能达不到孔中磁铁的水平位置。


    5、大片段样品的磁珠干燥

    10 kb以上的片段与磁珠结合非常紧密,如果样品变干则难以洗脱。尽可能完全地弃掉最 后一次乙醇清洗液,立即加入洗脱缓冲液并充分混合。保持盖子打开状态,乙醇在洗脱孵育期间将继续从孔中蒸发。


    6、低洗脱体积

    洗脱体积小会导致回收率降低。这是因为会有少量洗脱缓冲液始终包覆在磁珠上。该体积取决于孔的形状和孔中的磁珠量,因此较小的洗脱体积将导致相对较高比例的洗脱液残留。


    7、当你用紫外吸收法检测回收率

    不只是PCR双链产物,体系中过量的引物和核苷酸同样产生吸收。因此测量未纯化的PCR反应,可能获得高于实际PCR产物浓度的吸光度值。对比纯化前后的吸收值,则会导致回收率看起来比实际低。小贝建议:在琼脂糖凝胶上运行等量的未纯化PCR反应产物与纯化后的PCR反应产物(例如1/4的未纯化PCR产物和1/4的洗脱液)以便检查回收情况,或使用基于特异性荧光染料的测定,例如PicoGreen。


    8、引物的残留

    AMPure XP试剂与PCR反应混合后的试剂最 终浓度决定了PCR产物与磁珠结合的片段大小。AMPure XP主要结合> 100 bp的PCR产物,并丢弃小于50个碱基的引物。较大的引物和引物二聚体可以与磁珠结合。请确保您的PCR产物在循环过程中没有蒸发导致体积变小,并添加正确体积的试剂(见下表)。确保用乙醇冲洗在混合和结合过程中样品有接触到孔内壁的任何地方。如果在纯化体系中存在过量的引物,减少该PCR反应的引物量也可以是一个优化的方向。



    9、下游酶反应效果不佳

    如果您的下游酶反应对痕量乙醇极其敏感,请添加两分钟的保守干燥步骤。请注意,大片段会与磁珠紧密结合,在磁珠完全干燥后可能难以洗脱。


    10、如何选择性保留200-500 bp核酸片段

    AMPure XP是用于PCR产物纯化的试剂盒。对于片段筛选的应用,请考虑使用 SPRIselect试剂盒。

    有关 SPRIselect 片筛的更多信息,请访问经典磁珠一文解读:NGS片段筛选比例计算


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经典磁珠一文解读:AMPure XP纯化实用技巧

基于SPRI技术的AMPure XP,采用超顺磁磁珠帮助纯化核酸片段,被广泛应用到NGS行业,PCR体系、酶切、连接反应体系的纯化。作为行业的“金标准“试剂盒,AMPure XP有哪些高频Q&A问题呢?


AMPure XP怎么纯化长片段?

怎么提高我的样本得率?

产物纯度有什么优化的方向吗?

我可以选择纯化250 bp的那一条条带吗?


小贝总结了10条AMPure XP Q&A问题实用技巧:



1、乙醇比例

乙醇溶液必须至少70%。当将100%乙醇稀释至70%时,请确保在配置溶液合并之前分别测量水和乙醇的体积。用水补齐乙醇的稀释方式会导致浓度低于预期。请确保存储的乙醇在不使用时保持瓶盖拧紧。


2、充分的混合

在最 初磁珠与样品结合和洗脱混合期间,彻底的混合至关重要。可用略低于总孔体积的吸头进行混合。洗脱时,需要注意最 小洗脱体积(96孔规格为40 μL,384孔规格为15 μL),以确保磁珠充分重悬。还应保持足够的孵育时间,以确保核酸有足够的时间与磁珠结合或解离。由于样品的粘度,结合过程中的涡旋可能效率不高。


3、大反应体系

大体积反应可以采用更长的样品&磁珠结合和磁分离时间。可将binding结合时间增加到10分钟,并确保在弃上清液之前所有的磁珠均被充分磁分离。


4、避免实验中磁珠损失

如果在弃清液的过程中磁珠被吸入枪头,结合在这些磁珠上的核酸则会在这个步骤损失掉。首轮移除上清时,缓慢轻柔地操作,尽可能多地移除清液,同时确保不会干扰磁珠在磁环/磁力架上的吸附。如果意外吸出磁珠,请将所有磁珠重新打回孔中,让磁珠重新磁吸。随后,再度移除上清,尝试缓慢吸液或使用更细的枪头。小体积样品更容易受到磁珠损耗的影响,因为磁珠可能达不到孔中磁铁的水平位置。


5、大片段样品的磁珠干燥

10 kb以上的片段与磁珠结合非常紧密,如果样品变干则难以洗脱。尽可能完全地弃掉最 后一次乙醇清洗液,立即加入洗脱缓冲液并充分混合。保持盖子打开状态,乙醇在洗脱孵育期间将继续从孔中蒸发。


6、低洗脱体积

洗脱体积小会导致回收率降低。这是因为会有少量洗脱缓冲液始终包覆在磁珠上。该体积取决于孔的形状和孔中的磁珠量,因此较小的洗脱体积将导致相对较高比例的洗脱液残留。


7、当你用紫外吸收法检测回收率

不只是PCR双链产物,体系中过量的引物和核苷酸同样产生吸收。因此测量未纯化的PCR反应,可能获得高于实际PCR产物浓度的吸光度值。对比纯化前后的吸收值,则会导致回收率看起来比实际低。小贝建议:在琼脂糖凝胶上运行等量的未纯化PCR反应产物与纯化后的PCR反应产物(例如1/4的未纯化PCR产物和1/4的洗脱液)以便检查回收情况,或使用基于特异性荧光染料的测定,例如PicoGreen。


8、引物的残留

AMPure XP试剂与PCR反应混合后的试剂最 终浓度决定了PCR产物与磁珠结合的片段大小。AMPure XP主要结合> 100 bp的PCR产物,并丢弃小于50个碱基的引物。较大的引物和引物二聚体可以与磁珠结合。请确保您的PCR产物在循环过程中没有蒸发导致体积变小,并添加正确体积的试剂(见下表)。确保用乙醇冲洗在混合和结合过程中样品有接触到孔内壁的任何地方。如果在纯化体系中存在过量的引物,减少该PCR反应的引物量也可以是一个优化的方向。



9、下游酶反应效果不佳

如果您的下游酶反应对痕量乙醇极其敏感,请添加两分钟的保守干燥步骤。请注意,大片段会与磁珠紧密结合,在磁珠完全干燥后可能难以洗脱。


10、如何选择性保留200-500 bp核酸片段

AMPure XP是用于PCR产物纯化的试剂盒。对于片段筛选的应用,请考虑使用 SPRIselect试剂盒。

有关 SPRIselect 片筛的更多信息,请访问经典磁珠一文解读:NGS片段筛选比例计算


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一文解读什么是阳光模拟系统?

阳光辐射在我们的生活中扮演着很重要的角色。

 

阳光的光谱范围为 100 nm — 4,000 nm。其中包括有 UVC、UVB、UVA、可见光和红外光波。


这种照射,特别是短波照射对绝大多数的现代材料都会产生影响。这就意味着在批准材料上市前必须将材料暴露在阳光辐射下做材料测试。

 

这一操作需要在名为露天风化设备或集成有阳光模拟的特殊环境试验舱内进行。几乎所有的环境条件(冷、热、雨、海拔高度和阳光照射)都能在这些室内进行模拟。

 

阳光模拟系统可以应用的范围也很多,如:汽车元件老化、汽车面板阳光辐射测试、基本环境测试、军事领域环境测试、甲醛/VOC挥发性气体检测、除霜除雾试验、太阳能电池的阳光模拟、引擎 / 发动机冷却等等。



Honle的阳光模拟系统根据 CIE 20 – 80 标准定义的自然光光谱范围 270 – 3000 nm 来模拟自然光照。还设立了几个类似的标准,例如 DIN 75220(汽车元件老化)、MIL-STD 810(军事领域环境测试)、 IEC 68(基本环境测试程序)、SC03-Test(EPA 机动车辆排放测试)等等。而且符合所有标准并可满足客户的不同要求,因此具有极大的便利性。


Dr. Hönle AG 是领先的工业 UV 技术供应商。能够根据客户需求为客户定制符合特殊要求的产品。

高质量的Honle产品被广泛地应用于电子、微电子、精密工程、光学工业以及印刷、汽车、航空航天和医药领域的生产过程中。


更多详细资料,可联系上海尔迪仪器科技有限公司,拨打电话021-62211270!021-62211270!

上海尔迪仪器科技有限公司是一家从事仪器设备销售、技术服务与工艺开发的创新公司,为您提供一站式采购服务。


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一文解读工业内窥镜品牌怎么选?

医用内窥镜可以检查我们的身体,工业内窥镜可以对飞机、铁轨、天然气管道、风电机组等与我们生活息息相关的工业产品进行检测。医生通过内窥镜了解我们的身体状况,工程师通过内窥镜来保障我们生活设备的安全。由此可见,选择一款优质的工业内窥镜至关重要。工业内窥镜品牌哪家好?哪款设备观察物体更清晰?哪款产品可以直接得出缺陷部位的尺寸?来看以下解答。


1、工业内窥镜品牌哪家好?

品牌代表了用户对产品的认知程度,与我们选择生活用品十分注重品牌一样。工业内窥镜品牌也是用户在做出购买决策时的重要因素之一。我们知道,奥林巴斯、韦林、威萨都是知名的工业内窥镜品牌,而其中又属奥林巴斯更胜一筹。百年来,奥林巴斯在产业领域一直致力于前沿技术的研发。工业内窥镜通过高分辨率的LCD屏幕传送色彩明亮的图像,操作简便。与此同时,还具备记录功能。


2、哪款设备观察物体更清晰?

工业内窥镜前端使用了很小的感光成像元件,而奥林巴斯在产品前端使用了更为先进的CCD技术。CCD通光亮更大,可在黑暗中检测出更多细节,获得更为明亮的画面。此外,采用CCD技术还扩大了检测范围,一次准确的测量可以获得产品的轮廓,规格,外观缺陷,产品长宽比等多方面的性能参数。


3、现场环境恶劣,影响设备使用寿命吗?

作为工业内窥镜品牌里的佼佼者,奥林巴斯内窥镜在设计制造的时候就考虑到了实际使用场景,按照美国军标生产,防尘防水,并通过美国国防部测试(MIL-STD),可用于包括淋雨、高湿度、盐雾、粉尘、冻雨、电磁乃至爆炸性环境的恶劣条件。并且主机内的光源钛合金的前端,双层钨丝编制及严格的摔落实验每一项都是业内的前端水平。


4、如何可以知道缺陷尺寸?

工程师在检测过程中经常能发现缺陷,但却无法通过简便的方法得出缺陷的尺寸。工业内窥镜品牌奥林巴斯几乎全系列视频内窥镜产品均可在检测的同时,获得真实尺寸的即时测量,NX系列甚至可以进行大角度激光3D的表面扫描,是工程师在检查过程中的眼镜加尺子。

作为实力强劲的工业内窥镜品牌,奥林巴斯除了设计制造优质产品,还为行业提供各类解决方案和技能培训,为用户提供现场巡检、故障维修、校准等服务,以进一步发挥内窥镜的优异功能,并延长产品使用寿命。


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带你一文领略磁控溅射


主要功能:

主要用于半导体应用,及各种需要进行微纳工艺溅射镀膜的情形。可以用于金属材料(金、银、铜、镍、铬等)的直流溅射、直流共溅射,绝缘材料(如陶瓷等)的射频溅射,以及反应溅射能力。基片可支持硅片,氧化硅片,玻璃片,以及对温度敏感的有机柔性基片等。

 

工作原理:

通过分子泵和机械泵组成的两级真空泵对不锈钢腔体抽真空,当广域真空计显示的读数达到10-6Torr量级或更高的真空时,主系统的控制软件通过控制质量流量计精确控制Ar气体(如需要溅射氧化物薄膜,可增加O2),此时可以设定工艺所要求的真空(一般在0.1-10Pa范围)。这时可以根据溅射的需要开启RF或DC电源,并通过软件选择所要溅射的靶枪,产生的Ar等离子轰击相应的靶枪(如果增加O2,氧原子则会与溅射出来的原子产生反应,实现反应溅射)。并在样品台上方的基片上沉积出相应的薄膜,薄膜的膜厚可以通过膜厚监控仪自动控制。工艺状况可通过腔门上的观察视窗实时观看。自动遮板则可以遮挡每一次除了被选中的靶枪外的其它靶枪,防止被污染。

 

设备优势:

考虑实验应用要求工艺数据的可靠性,NANO-MASTER的磁控溅射设备在镀膜均匀性、重复性和设备稳定性等方面均有优势。

1、镀膜均匀性:在关键的镀膜均匀性方面,对于6”硅片的金属材料镀膜,NM设备可以达到优于3%的镀膜均匀度。

2、设备制造工艺:在配备相似等级的分子泵及机械泵的情况下,NM设备普遍具有更快的抽真空速率,可在20-25分钟左右就达到高真空工艺。腔体真空的稳定度影响镀膜的性能。

3、工艺的可重复性:NM设备在工艺控制方面,有更高的自动化能力,通过PC控制,减少人工干预造成的工艺偏差。相比需要人工配合的设备,导致不同人采用同样的工艺做出来的效果却不同,甚至同一个人在不同时间运行相同的工艺做出来的效果也不同。

4、设备的紧凑性:在满足相同性能情况下,由于加工精密度方面的优势,NM设备具有更紧凑的设计,占地面积较小,节约实验室宝贵的空间。

5、设备的稳定性:NM设备的维护率较低,可以保证设备较长时间的稳定运行,保证科研进度。


2022-07-28 11:31:00 509 0

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