贝克曼库尔特Biomek NGeniuS与IDT文库制备自动化解决方案
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随着基因组测序和数据分析方法的广泛普及,越来越多的实验室正在探索下一代测序(Next-Generation Sequencing,NGS)作为研究工具的可行性。然而,NGS文库的手动制备过程单调乏味,根据所构建文库的类型而异,耗时从数小时到数天时间不等,并且操作过程中必须小心谨慎,以避免人工出错导致的制备失败,浪费宝贵样本。Biomek NGeniuS系统是一款全自动文库制备系统,帮助我们从第 一步即确保正确无误。DNA样品上机,拨动转盘,按下按钮,运行过程无需值守,每批次可支持运行4-24任意数量的样品,是实验室追求灵活性和自动化的理想之选。
图1 Biomek NGeniuS全自动文库制备系统
IDT xGen cfDNA & FFPE DNA Library Prep Kit 便是一款支持自动化的试剂盒。该试剂盒提供高一致性的文库制备方法,独特的两步连接法能够有效抑 制接头二聚体和模板DNA自连,因而可有效提高文库转换率,尤其适用于cfDNA和FFPE等低质量样品,有助于研究人员发现和表征肿瘤样品中出现的低频变异位点。
图2 IDT xGen cfDNA & FFPE DNA Library Prep Kit工作流程
我们使用Biomek NGeniuS系统对三种不同类型的样品,cfDNA、FFPE和gDNA,分别构建24个、10个和4个文库。
cfDNA 样品所得文库平均浓度为16.67ng/μL。cfDNA样品连接后扩增片段平均长度为362bp,长度分布一致且呈正态。与参考基因组相比,该样品组从NGeniuS实验中获得的所有文库比对率为99.49%,配对的reads比对到参考基因组的比对率为99.84%。23份样品中reads平均重复率为0.46%。
图3 以cfDNA为起始样品,在Biomek NGeniuS 系统上使用IDT xGen cfDNA & FFPE DNA Library Prep Kit所制备文库的分析结果。
FFPE样品构建的文库平均片段长度为378 bp,长度呈正态分布。与参考基因组相比,该样品组从NGeniuS实验中获得的所有文库比对率为99.8%,配对的reads比对到参考基因组的比对率为99.84%。10份样品中reads平均重复率为0.37%。
图4 以FFPE DNA为起始样品,在Biomek NGeniuS 系统上使用IDT xGen cfDNA & FFPE DNA Library Prep Kit所制备文库的分析结果。
gDNA样品制备的文库平均片段长度为391bp,长度分布与 IDT xGen cfDNA & FFPE DNA Library Prep Kit 的预期一致。与参考基因组相比,该样品组从 NGeniuS实验中获得的所有文库的比对率为99.2%,配对的reads比对到参考基因组的比对率为99.3%。3份样品中reads平均重复率为0.56%。
图5 以gDNA为起始样品,在Biomek NGeniuS 系统上使用IDT xGen cfDNA & FFPE DNA Library Prep Kit所制备文库的分析结果。
在Biomek NGeniuS全自动文库制备系统上使用IDT xGen cfDNA & FFPE DNA Library Prep kit构建文库,所得文库片段大小分布一致,并符合IDT xGen cfDNA & FFPE DNA Library Prep Kit说明书建议的文库大小范围。对三种不同浓度的样品重复进行测序,结果表明,平均文库大小为362~391bp。所获文库比对率>99.2%,配对的reads比对到参考基因组的比对率>99.3%,重复率<0.56%。
表1 在Biomek NGeniuS文库制备系统上使用IDT xGen cfDNA & FFPE DNA Library Prep Kit的测序结果。
实验证明,Biomek NGeniuS文库制备系统与IDT xGen cfDNA & FFPE DNA Library Prep Kit配套使用,可成功制备出适合在Illumina平台上测序的高质量全基因组测序文库。
* 以上产品仅用于工业及科研,不用于临床诊断,禁忌内容或注意事项详见说明书。
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- 贝克曼库尔特Biomek NGeniuS与IDT文库制备自动化解决方案
随着基因组测序和数据分析方法的广泛普及,越来越多的实验室正在探索下一代测序(Next-Generation Sequencing,NGS)作为研究工具的可行性。然而,NGS文库的手动制备过程单调乏味,根据所构建文库的类型而异,耗时从数小时到数天时间不等,并且操作过程中必须小心谨慎,以避免人工出错导致的制备失败,浪费宝贵样本。Biomek NGeniuS系统是一款全自动文库制备系统,帮助我们从第 一步即确保正确无误。DNA样品上机,拨动转盘,按下按钮,运行过程无需值守,每批次可支持运行4-24任意数量的样品,是实验室追求灵活性和自动化的理想之选。
图1 Biomek NGeniuS全自动文库制备系统
IDT xGen cfDNA & FFPE DNA Library Prep Kit 便是一款支持自动化的试剂盒。该试剂盒提供高一致性的文库制备方法,独特的两步连接法能够有效抑 制接头二聚体和模板DNA自连,因而可有效提高文库转换率,尤其适用于cfDNA和FFPE等低质量样品,有助于研究人员发现和表征肿瘤样品中出现的低频变异位点。
图2 IDT xGen cfDNA & FFPE DNA Library Prep Kit工作流程
我们使用Biomek NGeniuS系统对三种不同类型的样品,cfDNA、FFPE和gDNA,分别构建24个、10个和4个文库。
cfDNA 样品所得文库平均浓度为16.67ng/μL。cfDNA样品连接后扩增片段平均长度为362bp,长度分布一致且呈正态。与参考基因组相比,该样品组从NGeniuS实验中获得的所有文库比对率为99.49%,配对的reads比对到参考基因组的比对率为99.84%。23份样品中reads平均重复率为0.46%。
图3 以cfDNA为起始样品,在Biomek NGeniuS 系统上使用IDT xGen cfDNA & FFPE DNA Library Prep Kit所制备文库的分析结果。
FFPE样品构建的文库平均片段长度为378 bp,长度呈正态分布。与参考基因组相比,该样品组从NGeniuS实验中获得的所有文库比对率为99.8%,配对的reads比对到参考基因组的比对率为99.84%。10份样品中reads平均重复率为0.37%。
图4 以FFPE DNA为起始样品,在Biomek NGeniuS 系统上使用IDT xGen cfDNA & FFPE DNA Library Prep Kit所制备文库的分析结果。
gDNA样品制备的文库平均片段长度为391bp,长度分布与 IDT xGen cfDNA & FFPE DNA Library Prep Kit 的预期一致。与参考基因组相比,该样品组从 NGeniuS实验中获得的所有文库的比对率为99.2%,配对的reads比对到参考基因组的比对率为99.3%。3份样品中reads平均重复率为0.56%。
图5 以gDNA为起始样品,在Biomek NGeniuS 系统上使用IDT xGen cfDNA & FFPE DNA Library Prep Kit所制备文库的分析结果。
在Biomek NGeniuS全自动文库制备系统上使用IDT xGen cfDNA & FFPE DNA Library Prep kit构建文库,所得文库片段大小分布一致,并符合IDT xGen cfDNA & FFPE DNA Library Prep Kit说明书建议的文库大小范围。对三种不同浓度的样品重复进行测序,结果表明,平均文库大小为362~391bp。所获文库比对率>99.2%,配对的reads比对到参考基因组的比对率>99.3%,重复率<0.56%。
表1 在Biomek NGeniuS文库制备系统上使用IDT xGen cfDNA & FFPE DNA Library Prep Kit的测序结果。
实验证明,Biomek NGeniuS文库制备系统与IDT xGen cfDNA & FFPE DNA Library Prep Kit配套使用,可成功制备出适合在Illumina平台上测序的高质量全基因组测序文库。
* 以上产品仅用于工业及科研,不用于临床诊断,禁忌内容或注意事项详见说明书。
- 贝克曼库尔特发布Biomek NGeniuS全自动文库制备系统,开启“一键式自动化”高通量测序文库制备新篇章
“一键”助力精 准医学
2022年11月28日,贝克曼库尔特“NGeniuS,一键开启”新品发布仪式在上海阿纳迪酒店举办,发布仪式上推出的Biomek NGeniuS全自动文库制备系统,以简单防错的系统设置、多元灵活的应用选择、无人值守的自动化处理、全方位的远程实时监控,全新开启“一键式自动化”高通量测序(以下简称NGS)文库制备新篇章,赋能基因测序的高质量发展。
贝克曼库尔特“NGeniuS,一键开启”新品发布仪式
贝克曼库尔特生命科学中国区总经理蔡俊松
直击行业发展痛点
实现基因测序文库制备简捷自动化
NGS作为一种划时代的技术,使基因测序商业化进入临床应用成为可能,并助力解决传统医学的痛点——即由“同病同治”到“同病异治”,为精 准医疗的发展奠定了基石。但在NGS不断普及应用的过程中也面临着发展痛点,其相对于PCR(聚合酶链式反应)实验体系更为复杂,耗时较长,且涉及到多个实验环节,高度依赖于实验工作人员的操作专业度与稳定性。高通量测序建库环节亟需操作更便捷、处理更标准化、结果更加稳定的全自动化解决方案。
Biomek NGeniuS“一键”助力精 准医学
作为临床诊断和生命科学领域的服务商,贝克曼库尔特一直致力于为全 球的实验室提供适合其自身特点的自动化解决方案,此次推出的Biomek NGeniuS全自动文库制备系统正是为了解决行业痛点而来。Biomek NGeniuS全自动文库制备系统机身小巧。主机通过一个按钮操控批次实验,真正实现“一键开启”,简单易用。运行过程中可灵活选择实验通量,相较于传统的以8为倍数自动化理念,可轻松处理4-24之间任意样本数的NGS样品。
同时,作为一款自动化系统,Biomek NGeniuS从更多功能设置方面帮助实验操作人员实现简便操作,提升准确率。其中,Biomek NGeniuS搭载的Dynamic DeckOptix 光学分析技术可以指导操作人员如何正确地放置实验耗材和试剂,并对耗材和试剂的位置进行实时反馈。在试剂放入后,试剂转盘自动识别功能和多通道液面探测功能则可对试剂匹配度以及试剂量充足与否向操作人员发出实时提醒。此外,Biomek NGeniuS系统内部集成的PCR仪、实验室耗材运输和试剂分装功能,最大化地减少了手动操作和人工介入。云端设置的远程监控可随时随地观察实验运行状态,实现全流程的无人值守,助力基因测序文库制备实现轻量化、简易化、智能化。
贝克曼库尔特生命科学中国区市场总监霍德华表示:“‘Biomek NGeniuS’的上市让实验室操作变得更为简单便捷,为科研技术人员节省出了更多的时间,同时提升实验结果稳定性,从很大程度上推进基因测序建库从劳动密集型迈入流程全自动化。同时,为了紧跟行业的时代发展需求,贝克曼库尔特还与全 球多家知名NGS文库制备试剂盒供应商达成合作,以此不断扩展Biomek NGeniuS验证应用库,这也意味着全 球每一位使用Biomek NGeniuS的客户,都可以随时随地下载使用贝克曼库尔特应用库中最新上传的试剂盒方法,实现和整个行业的发展肩并肩,聚焦解决全新的科学问题,助力精 准医疗、健康水平的不断提高。”
贝克曼库尔特生命科学中国区市场总监霍德华
贝克曼库尔特生命科学产品经理聂绩博士
持续深耕中国市场
更好地满足本土化需求
近年来,受益于药政改革的红利释放,并伴随着海归医学人才的扎堆创业和临床科研能力的不断提升,中国医疗产业已驶入发展“快车道”,中国市场正在成为崛起的潜力无限的新兴市场,作为早在70年代末80年代初就进入中国市场的首批外资企业之一,“在华为华”,不断加码中国市场已成为贝尔曼库尔特一直坚持的重要发展战略。
从在中国开设代表处到在苏州建立首家试剂工厂,再到公司总部落户上海,截止目前,贝克曼库尔特在中国开设了超30家分公司,业务运营及售后服务遍布国内。也正是在推动中国市场本土化不断纵深发展的过程中,贝尔曼库尔特将中国研发制造和本土化需求进行了深度结合,推出了多款具备全 球研发及生产标准的“本土制造”创新产品,以此更好地服务中国市场,包括为临床检测和生命科学研究的不同需求提供了有效解决方案的流式细胞分析仪CytoFLEX、OptiClone系列流式临床检测试剂、全新自动化流式分选仪CytoFLEX SRT、Opticlone系列临床试剂等。
贝克曼库尔特生命科学中国区总经理蔡俊松在发布仪式上表示:“此次推出的Biomek NGeniuS配套的云服务软件,便是由贝克曼库尔特大连软件中心本土团队和总部自动化团队共同开发,这既保证了可引进总部优秀的大数据计算能力高精度、高稳定性移液系统,同时又通过优秀的云端大数据计算能力,确保了满足本土客户的数字化需求以及国内数据安全性监管的合规要求。”
未来,贝克曼库尔特将继续拓展加快本土化的研发与生产,在加速前沿创新成果更快惠及中国市场的同时,将持续深化本土化创新生态圈构建与本土化品牌打造,通过本土化品牌合作、本土化共赢,更好地迎合中国市场需求,推动中国大健康产业升级,助力“健康中国2030”。
- 贝克曼库尔特与IDT,Illumina,AmoyDx,Pillar Biosciences签订NGeniuS系统应用开发协议
贝克曼库尔特生命科学相继与IDT, Illumina, AmoyDx,Pillar Biosciences等基因测序和分析解决方案公司签订应用开发协议,在 Biomek NGeniuS全自动文库制备系统上开发应用程序。11月28日,NGeniuS自动化系统在中国重磅上市。
Biomek NGeniuS 系统是用于NGS文库制备的purpose-built自动化系统。它提供简单易用的自动化解决方案,减少传统劳动密集的NGS文库制备手动操作。该创新技术通过试剂管转盘最 大限度地减少试剂的手动移液,同时内部集成PCR仪和耗材搬运系统,实现文库制备过程的全自动化。Biomek NGeniuS 系统门户软件,允许从任何地方设置4-24间任何样本数,并支持 从Google Chrome 或 Microsoft Edge 的计算机进行远程监控。该工作站还通过先进的光学分析技术(Dynamic DeckOptix 系统)为使用人提供有关耗材放置的实时反馈,减少耗材摆放错误。Biomek NGeniuS 将为正在使用手工文库制备试剂盒的实验室带来巧妙的解决方案。
作为协议的一部分,IDT,Illumina,AmoyDx,Pillar Biosciences等将开发专门为Biomek NGeniuS系统设计的应用程序。这些应用程序将通过贝克曼库尔特首 创的电子应用程序库提供给Biomek NGeniuS用户。仪器操作人员无须编写试剂盒方法,直接按需使用。贝克曼库尔特将持续扩展电子应用程序库列表,满足科研端及临床转化端不断迭代变化的试剂盒方法需求。
Jason Lanie
Beckman Coulter 生物技术事业部副总裁、总经理
这一合作伙伴关系是第二个与试剂制造商达成的长期协议,这将加速我们最 新NGS 文库制备系统 Biomek NGeniuS的应用开发。这表明我们对应用程序开发的持续承诺以及我们向客户提供新 NGS 应用程序的速度。它结合了仪器和试剂制造商的专业性,以提供更高质量的自动化 NGS 文库制备解决方案。
Mirna Jarosz
Integrated DNA Technologies NGS 事业部总经理
在Beckman Coulter Life Sciences的新 Biomek NGeniuS 系统上自动化我们的 NGS 解决方案,是让更多的实验室能够更容易使用到高性能 NGS 解决方案的重要一步。IDT 坚定不移地履行其推动基因组学领域的使命。此次合作体现了两家公司如何联合起来推动科学向前发展。
Jason Lanie
Beckman Coulter 生物技术事业部副总裁、总经理
我们很荣幸Illumina公司继续与Beckman Coulter Life Sciences合作。这是对我们为实验室带来价值的又一次有力强化,我们能够提供高性能的NGS测序解决方案,并通过purpose-built专用系统进一步加速NGS文库的制备。
Joydeep Goswami
Illumina 首席战略和企业发展官
我们很高兴与Beckman Coulter Life Sciences合作,凭借其深厚的自动化专业知识,扩大实验室对基于NGS的肿瘤学和遗传病检测研究的访问。自动化in-house检测将缩短周转时间,改善客户体验,并最 终使实验室能够快速向医疗健康研究人员提供可关联和可执行的结果。
Calvin Cortes
Biomek NGeniuS 系统产品经理
我们致力于加速应用程序开发并提供新的 NGS 应用程序,以进一步推动我们客户的研究之旅。这是一系列应用开发协议的一部分。这充分说明 Biomek NGeniuS 系统以及 AmoyDx 等合作伙伴的自动化文库制备及试剂产品组合的实力。
罗捷敏
厦门艾德AmoyDx总经理
造福全 球肿瘤患者,为客户带来价值,是我们坚定不移的追求。与 Beckman Coulter Life Sciences 一起,AmoyDx 将带来先进可靠的自动化文库制备解决方案,加速和提高 NGS 研究的质量和效率。
Amy Yoder
贝克曼库尔特基因组学产品总监
随着该细分市场的逐步增长,贝克曼库尔特生命科学已经着手利用自身的企业技术优势,来帮助各NGS实验室提升他们的整体实验效率。与Pillar Biosciences此次的合作进一步展示了Biomek NGeniuS系统独有的开放试剂概念的影响力和吸引力。我们很高兴可以通过Biomek NGeniuS来显著减少传统手动操作流程中容易产生的实验错误,提高实验室人员的科研热情及对分子诊断未来的预期。
Randy Prichard
真固Pillar Biosciences首席执行官
分子实验室、医院及相关医疗机构的广泛参与可加速NGS技术准确、高效和成本优化等相关优势在本地实现,这将极大推动未来肿瘤患者精 准管理的效率。此次真固Pillar Biosciences 和贝克曼库尔特生命科学的合作中,我们的SLIMamp®多重建库技术平台将为Biomek NGeniuS提供专用的解决方案,来更好地满足全自动建库平台对于配套试剂的需要。同时,我们也将继续履行真固Pillar Biosciences一直以来的企业目标,即推动NGS技术的本地化检测,为全 球患者提供更好的医疗服务产品。
- 贝克曼库尔特推出Biomek NGeniuS文库制备系统,以"一键式"便捷使用加速NGS的临床研究和应用
重新定义测序文库制备全流程自动化
近年来,高通量测序技术(NGS)的发展使基因组研究得到迅猛发展,推动了精 准医学的普及和推广,但NGS在普及应用尤其是临床研究和应用落地的过程中,面临着检测实验运营成本高昂、注册周期长、检测人员培训成本高、全流程操作繁琐、质量管理体系的规范化等一系列挑战。使用LDT模式开展NGS的临床应用进程,有助于其从实验室成果到临床应用的快速转化,更及时地满足临床诊疗和广大人民群众身体健康的需求。NGS技术在LDT与IVD的并行,是在鼓励创新和强化监管下,为当前临床实践提供的解决方案。助推该模式下NGS检测的高质量、高标准开展,致力于为全 球实验室提供匹配的自动化解决方案的贝克曼库尔特重磅推出了Biomek NGeniuS全自动文库制备系统,以"一键式"便捷使用加速NGS的临床研究和应用,提升精 准医疗的可及性。
轻启"一键" 轻松实现"样本进 结果出"
凭借高通量、高深度检测的优势,NGS技术在肿瘤诊疗、遗传病罕见病、辅助生殖、感染等多个领域不断拓展,使得个体化精 准医疗成为可能,也推动了NGS实验室的快速蓬勃发展。随着NGS应用的持续深化走向临床应用,对测序的效率、质量提出了更高的要求。任何一个环节出现问题,都可能影响检测结果的准确性。文库制备是NGS检测流程中获取高质量测序数据、生成有价值报告的关键步骤之一,但该环节步骤繁琐耗时长,专业性较强,对操作人员的要求高,操作失误容易导致试剂浪费和珍贵样本的不可逆损失。
贝克曼库尔特发布Biomek NGeniuS全自动文库制备系统
作为一款创新升级的全自动测序文库制备系统,Biomek NGeniuS集文库制备、扩增子和杂交捕获、文库均一化于一体。在选定应用程序并输入样品数量后,Biomek NGeniuS软件将自动创建工作助手,其中包括运行所需的试剂清单、每种试剂的体积要求、试剂配制和装载说明,确保了试剂准备过程的可重现性。在设置好应用程序的实验参数后,只需轻轻转动导航转盘并按下,即可开始处理4-24间任意样本数的NGS样品,轻松实现"一键启动‘样本进,结果出‘“,以简单易用、减少人工操作,提升测序检测实验的可靠性和稳定性。灵活的样本处理数目,将满足临床样本实验的高时效性、高周转需求。
使用人员无须编写试剂盒方法,从贝克曼库尔特首 创的电子应用程序库可直接按需下载使用。贝克曼库尔特与多家NGS文库制备试剂盒供应商达成合作,将持续扩展电子应用程序库列表,满足科研端及临床转化端不断迭代变化的试剂盒方法需求。
同时,Biomek NGeniuS 系统将Dynamic DeckOptix系统的光学分析功能与用户友好型平视显示器完 美结合,通过对实验耗材摆放的实时反馈引导用户正确装载,在自动进行下一步操作前,确保台面装载无误。自动识别功能可检查带盖试剂管,样品反应板是否正确,孔板位置摆放错误,热循环仪密封板缺漏等人为失误,自动检查周全无疏漏,让经验不足的实验操作人员也可从容地进行复杂实验。
试剂转盘自动识别功能和多通道液面探测功能则可对试剂管匹配度以及试剂量充足与否向操作人员发出实时提醒。配备可选吸头类型(Selective Tip Type)的加样头,支持96和384吸头盒,确保选择恰当的吸头类型匹配所需的移液体积,无需人工干预。温控试剂储存功能则支持化学试剂的全程控温,避免试剂失活,保护宝贵样品免于浪费。
此外,Biomek NGeniuS系统内部集成的PCR仪、实验室耗材运输和试剂分装功能,最 大化地减少了手动操作和人工介入。云端设置的远程监控可随时随地设置建库实验,观察实验运行状态,实现全流程的无人值守,为技术人员和研究人员节省更多宝贵时间专注测序数据分析和报告解读,而不必时刻紧盯工作流,体验"一键式"全流程自动化带来的便捷和高标准、高质量文库输出。
发力本土化创新研发 满足中国市场实际需求
疫情重塑了全 球生物医药医疗器械供应链,在全 球供应链变革之际,贝克曼库尔特选择持续加注中国市场,更加深度地参与中国市场。作为一家跨国生命科学企业,贝克曼库尔特在中国扎根逐渐全面深入,注重中国客户的需求,与本土研发制造进行了结合,持续推出具备全 球研发及生产标准的创新产品服务本土客户。
Biomek NGeniuS在实现功能一体化、操作简易化、设置智能化的同时,还做到了设计的轻量化,其机身小巧灵活、外形紧凑,有效减少整体使用面积,可广泛应用于各种规模的研究实验室。同时,随着中国医保政策的扩容,肿瘤治 疗等药物的可及性进一步改善,促推NGS快速、高质量地为患者和医生提供用药指导,助推行业规范化、标准化前进,是Biomek NGeniuS全自动文库制备系统的期望之一。
在标准化和合规化方面,Biomek NGeniuS最为重要的配套的云服务软件是由贝克曼库尔特大连软件中心本土团队和总部自动化团队共同开发,这既保证产品具备高精度、高稳定性移液系统,同时通过优秀的云端能力,确保满足本土客户的数字化需求以及国内数据安全性监管的合规要求。
未来,贝克曼库尔特将基于自身强大的研发实力和技术优势,持续推出卓 越、智能、全面的创新产品和实验室解决方案,贴近本土市场需求,更好服务于中国客户,推动中国基因测序行业、生命科学研究、临床转化等领域的高质量发展。
* 以上产品仅用于工业及科研,不用于临床诊断。
- 贝克曼库尔特合成生物学自动化方案汇总
合成生物学的研究内容主要是采用工程化方法和工程化开发平台,用生物分子及由生物分子构成的不同层次的生物组件,设计、创造出适应不同目的的生物装置和系统。其主要原则是设计、评估、以及遗传部分的标准化。一个挑战是部分设计即修改遗传序列作为不同的单位,最 终结合成更复杂的遗传回路,在目标生物体中产生所需的功能。在合成生物学应用中,通过设计-构建-测试-学习(DBTL)循环对遗传部分或生物体连续通过迭代过程进行改进。本次小贝给大家总结了几篇合成生物学自动化方案,这些方案为我们介绍了如何通过计算机辅助设计软件设计(D)新的DNA序列以获得所需的特性,物理构建(B)新的构造变体,以及在实验室中使用分析仪器进行测试(T),计算机建模用于学习(L)和预测遗传部分特征。
01、机器学习引导细菌核糖体结合位点的批量设计
优化基因表达水平是生物体设计过程重要的部分,可通过工程化转录和翻译控制元件实现对这一过程的精细控制。大多数计算机模型基于相关分子的热力学性质(DNA、RNA、蛋白质等)或经验获得的描述值相关的设计属性,如细菌中控制蛋白表达的关键遗传元件——核糖体结合位点(RBS)的翻译起始率(TIR)。然而,但当前由于缺乏可靠的设计方法,小遗传元件的从头设计由于顺序和性能之间的未知关系而具有挑战性。为了解决这个问题,Mengyan Zhang等人创建了一套机器学习指导DBTL循环用于细菌RBS的实验设计以证明如何使用相对小的、高质量的数据集相对可靠地设计较小的遗传部分。值得注意的是,作者还将这些机器学习算法与实验室自动化和高通量流程集成在一起,实现可靠的数据生成,如通过贝克曼库尔特Echo纳升级移液工作站将1 μL反向引物以加入到96孔板中构建PCR反应体积,在后续细胞培养分析中,将1 μL体积的0.1M的IPTG转移到96孔细胞培养板中,从而提高移液精确度降低误差,提高分析准确度;随后通过在四个DBTL周期中测试总共450个RBS变体,验证了RBS的翻译起始率高达34%等于或超过基准RBS。明机器学习是一种强大的工具用于设计RBSs,为更复杂的遗传设备铺平了道路。
02、basicsynbio和BASIC SEVA集合:用于建立DNA组装方法的软件和载体DNA组装是合成生物学和生命科学DBTL循环必不可少的工具。虽然当前有大量的DNA组装方法可供研究人员选择,但合适的方法选择则取决于各种因素,例如对于包含禁止的限制性位点的自由度,组件库的可用性或对高精度的需求。实现高通量和分层组装理想的情况是建立标准化和模块化的DNA组装方法,能够实现高精度、经济高效地生成大量结构,同时还能够促进不同设计间部件的重复使用。
幂等克隆生物部件组装标准(BASIC) DNA组装是一种标准化的DNA组装方法,它利用模块化组件和接头作为功能单元。该方法受益于几个理想的属性,包括单组件存储格式以及每轮组装多达 14 个部件和接头,同时精度 >90%;可以免费用于学术和商业用途,而且易于自动化工作流,并执行分层程序集。接头可以编码诸如核糖体结合位点(RBS)和融合蛋白接头之类的功能序列,因此在单轮组装中可以构建不同的结构。BASIC与基于Golden Gate组装的模块化方法相比具有优势,它使用多种限制性内切酶,并且不支持不符合标准转录单元的组件,例如操纵子。BASIC DNA组装已成功应用于合成生物学和生命科学研究的多个领域,包括组合途径工程、合成操纵子和小的非编码RNA回路设计,用于基因编辑的组合引导RNA表达、RBS调谐、融合蛋白工程和多重引导RNA表达等方向。
Matthew C Haines等发布了包含Web应用程序和Python包的basicsynbio开源软件,可通过简单的拖放操作或编程方式实现BASIC构造设计。用户可以在设计新部件和组件时访问常用的BASIC组件和接头,并对常见错误进行异常处理;同时为下一阶段的验证导出序列数据并为手动或贝克曼Echo纳升级移液平台创建指令。如clip反应和MagBead纯化步骤完成后,将纯化的clip反应产物转移到符合Echo®标准的384孔聚丙烯微孔板中,也可以通过在Echo上执行脚本来将Echo®聚丙烯微6孔板上的ddH2O和10×的组装缓冲溶液通过声波移液与纯化的clip反应产物混合。随后完成组装,转化,并接种在含有抗生素的LB琼脂上,以及挑选粉红色菌落等步骤。
为了证明灵活性,研究人员演示Basicsynbio使用序列组装包含六种抗生素耐药性标志物之一和来自不同相容组的五种复制来源的30个载体(包括来自标准欧洲载体架构(SEVA)的模块)。作者编写了将 BasicBuild 类对象解析为.pdf格式的手动指令和贝克曼 Echo 液体处理平台指令的函数,通过计算所有组件所需的三个参数指导 BASIC 工作流程的clip反应设置和装配阶段的液体处理操作,使clip反应体系的部分组分浓度为2.5 nM,从而使效率实现最 大化。
使用basicsynbio Python软件包和Web App,用户可以访问常用的部件和接头,在导出序列数据和构建指令的同时稳健地设计新的部件,接头和组件。结合其他可接近的部件和接头,用户可以轻松可靠地设计大量组件,为设计生物工程应用的组件提供了强大的环境,从而实现在合成生物学和生命科学领域的应用。
03、高通量、经济高效的结构DNA组装验证
无论是基因合成(∼1 kb),途径工程(∼10 kb)还是合成基因组(>100 kb),“搭积木式”的DNA“组装”仍然是合成生物学的基石。尽管用于DNA组装的技术取得了许多进步,然而随着规模的扩大,作为一项基本任务以确保基因型与表型准确映射的DNA构建体验的证成本也越来越高昂,并且面临着逻辑方面的挑战。Yandi Dharmadi等人通过每月设计和制造数百到数千个独特的构建块和组件,由于反应的多样性(构建体数量×克隆数量×连接数量),通过测序或连接PCR验证数千个DNA构建体很快就会变得成本高昂和/或逻辑上难以处理,一种廉价、快速和可靠的验证方法是绝 对必要的。为此,Yandi Dharmadi等人开发出一种使用详尽的计算机酶筛选、质粒DNA的滚动循环扩增、毛细管电泳和自动消化模式识别的限制性酶切来验证DNA组装。实验流程设计上,384孔格式在Biomek FXP自动化工作站(贝克曼库尔特)上完成程序化的液体转移(2-200μl),使用Qpix 2高通量微生物克隆筛选系统完成大肠杆菌接种,采用低成本和稳健的96毛细管电泳方法已成功用于筛选超过31 000个DNA构建体克隆,使每个样品综合成本<1美元,作为重要的一部分为建立工业规模DNA组装管线提供了非常大的帮助。
04、全E.coliTXTL工具箱3.0:无细胞合成生物学平台的新功能
无细胞基因表达作为一种多用途生物工程技术,特点是快速的实验周转和更高的通量,以及高度的安全性,已被塑造成一种多功能且用户友好的工具,有助于调控元件和基因网络的快速原型设计,同时也广泛覆盖了不断增长的应用范围。随着DNA定向体外蛋白质合成的使用范围的扩大,则需要开发更强大的无细胞转录翻译(TXTL)平台来执行更大的DNA程序或提高无细胞生物制造能力。在David Garenne等人公布的一项工作中,一种专门为合成生物学开发的多用途无细胞表达系统——全大肠杆菌TXTL工具箱3.0提供了新的思路。
图 大肠杆菌TXTL系统及其应用概述
在他们的实验中,反应体系配置有两种方式来实现,要么手工组装(10-20μl),要么使用贝克曼库尔特Echo纳升级移液工作站向96孔板上分液(2-5μl)以实现缩小反应体积,提高移液精确度的要求。其次,无细胞反应除了补充60mM麦芽糊精(Sigma Aldrich 419672)之外,还补充了30mM d-核糖,并在29-30°C下进行无细胞反应。使用报告基因蛋白deGFP(d增强绿色荧光蛋白,在无细胞系统中更具可翻译性)(25.4 kDa,1 mg / ml = 39.37μM)孵育15-20小时后在酶标仪上测量间歇模式反应中产生的deGFP的终点荧光,标曲则使用带有His标签的纯重组eGFP,从而实现翻译效率的定量评估。在非补料分批模式反应中,deGFP的合成达到4mg / ml;在由负载有TXTL反应的脂质体组成的合成细胞中,当供给反应的化学构件通过膜通道扩散以促进与外部溶液的交换时,会产生浓度为>8mg / ml的deGFP。说明这一TXTL系统能够通过提供独特的强度和特性来扩展当前的无细胞表达能力,对于测试调节元件和回路,生物制造生物制剂或构建合成细胞有非常大的帮助。
05、植物蛋白的生物铸造辅助表达和表征
合成生物学中的许多目标,包括生物合成途径的阐明和重构以及调节回路和网络工程,都需要蛋白质功能的知识。在植物中,大基因家族的普遍存在意味着将特定功能与单个蛋白质联系起来可能特别具有挑战性。然而,蛋白质表征仍然是一个技术瓶颈,通常需要付出大量努力来优化表达和纯化方案。为了利用生物铸造厂的能力来加速DBTL周期,Quentin M Dudley等人提出了一种用于自动DNA组装和植物蛋白无细胞表达的工作流程,可加速优化并快速筛选酶活性。这包含开发一种与植物积块兼容的Golden Gate DNA组装工具箱,其中包含质粒受体,用于使用大肠杆菌或小麦胚芽裂解物进行无细胞表达,以及一组用于检测,纯化和改善表达/折叠的N端和C端标签部件;其次他们使用Echo纳升级液体处理平台优化了小型化无细胞反应的自动化组装,然后比较标签配置以提高表达的标签。开发了一种基于荧光素酶的快速定量系统,该系统需要最 少的11个氨基酸标签,并演示了合成后标签的轻松去除。最 后,实验表明可以使用无细胞蛋白质合成反应进行几种功能测定,而无需蛋白质纯化。总之,DNA部件的自动组装和无细胞表达反应的结合显着提高实验的通量,在测试和了解植物蛋白功能并使DNA部件在下游植物工程工作流程中直接重复使用。
Echo用于植物蛋白的生物铸造辅助DNA组装和无细胞蛋白质合成(CFPS)的工作流程
使用Echo 550(贝克曼库尔特)通过两步策略配置2 μL无细胞蛋白质合成反应体系配置,第 一步将30-50 μL/质粒(或水)转移到符合Echo®标准的384孔聚丙烯源微孔板(384PP,P-05525)中。第二步,将已添加裂解物的无细胞蛋白合成试剂(CFPS)的预混液以65μL/孔转移至同一384PP板的空孔中。随后设置384PP_AQ_SP2 作为样品板类型使用Echo进行移液,定向转移到384 孔PCR目标板中,每孔1735 nL,每个来源孔可支持20-21个反应。然后,使用Echo® Cherry Pick软件(由.csv文件指导)设置384PP_AQ_BP2样品板类型将含有26.6 ng质粒(相当于最 终浓度为13.3 ng /μL)以及需要补的水共计265 nL分配到所有目标孔,随后目标板在室温下短暂离心,用粘性铝箔封膜,并在 PCR仪中30°C 下孵育20小时(37°C热盖)。在1.5 mL离心管中等比例放大CFPS反应。为了定量可溶性/总蛋白质,将反应物在4°C以21000 g离心10分钟以沉淀不溶性蛋白质。
06、用于鉴定和表征代谢物诱导系统的全基因组方法
诱导基因表达系统是促进合成生物学发展的重要工具,作为基因编码生物传感器有望为诊断做出贡献,并彻底改变微生物细胞工厂开发领域。鉴于目前具有生物学意义的化合物的数量远远超过可用的生物传感器的数量,Erik K. R. Hanko等人通过开发一种通用的全基因组方法来识别转录因子诱导基因表达系统来解决这一窘境。他们构建并验证了 15 种功能性生物传感器,提供了表征工作流程,展示了广泛的宿主适用性和在酶筛选中的实用性。
在这项研究的交叉反应筛选流程中,使用贝克曼库尔特自动化整合平台(整合了Biomek FXp自动化移液工作站(贝克曼库尔特)、SpectraMax 6i酶标仪(美谷分子)和Cytomat 2C振荡培养箱(Thermo))通过3块黑色微孔板来测试一种菌株对67种化合物(4个重复)的反应,自动化全流程实现相对诱导率的计算。使用整合系统软件SAMI EX(贝克曼库尔特)生成的工作流如下图所示:
SEMI EX软件生成的工作流程图展示细菌培养自动化移液过程。
SEMI EX软件生成的工作流程图展示添加诱导因子,荧光强度测量和孵育培养过程。
通过接种2 mL含氯霉素的基本培养基与单个新鲜转化的细菌细胞菌落来建立C. necator预培养。在18°C下30rpm轨道振荡孵育200小时后,将细菌1:50稀释,在相同条件下再培养4小时直到OD600达到0.15-0.2。随后使用Biomek FXp自动化液体处理平台将 142.5 μL 细菌培养物分到黑色 96 孔微量滴定板中,随后将96深孔板中的10mM诱导剂使用 Biomek FXp转移7.5 μL到微量滴定板中的 C. necator 培养物中,将板转移至整合的Cytomat2振荡培养箱中,温度为30°C和600rpm诱导6、12和18小时,随后使用整合的SpectraMax 6i酶标仪立即进行荧光和吸光度测量。
随着基因组数据的快速增长,这些创新为大幅增加生物可检测分子的数量提供了一个平台,对促进前瞻性工程工作有十分重要的意义。
07、酶工程:一种合成生物学方法,可实现更有效的文库生成和自动化高通量筛选
Golden Gate策略使用的IIS型限制性内切酶的酶切位点在其识别序列之外,酶切后这些片段可以非常容易地无缝重组从而能够不受限制地设计独特的DNA片段。使用这种方法Daniela Quaglia等人对南极念珠菌脂肪酶A(Cal-A)的三个不同区域对应的基因片段进行靶向或随机诱变,随后直接重组,从而允许在一轮中组合不同诱变方法的产物,能够快速产生一系列不同的文库,从而促进定向进化,证明了其在设计生物催化剂方面的有利用途。
在贝克曼库尔特Biomek NXp自动化液体处理工作站的帮助下,将手动筛选南极念珠菌脂肪酶A(Cal-A)抗三丁酸甘油酯和橄榄油突变体转换为自动化,从而实现更高的通量。自动化流程使用倒好42 mL培养基的Nunc™ OmniTray™矩形培养皿并堆叠在工作站台面上,通过脚本,从96孔板中逐列吸取20 μL饱和菌液,并通过轻轻接触琼脂表面来接种8 μL菌液,多余的菌液弃至乙醇Waste板中,而吸头随后可被重复用于接种相同的菌液。接种后的OmniTray板由机械臂抓手转移到耗材堆栈,并转移至30°C下孵育过夜。通过凝胶成像仪观察孵育的板并进行分析。这项研究通过通用的自动化方法来视觉区分全细胞对不同底物的水解,有助于筛选以改善对短链与长链脂肪酸底物的区分。
参考文献:
1、Zhang M, Holowko MB, Hayman Zumpe H, Ong CS. Machine Learning Guided Batched Design of a Bacterial Ribosome Binding Site. ACS Synth Biol. 2022 Jul 15;11(7):2314-2326. doi: 10.1021/acssynbio.2c00015. Epub 2022 Jun 15. PMID: 35704784; PMCID: PMC9295160.
2、Haines MC, Carling B, Marshall J, Shenshin VA, Baldwin GS, Freemont P, Storch M. basicsynbio and the BASIC SEVA collection: software and vectors for an established DNA assembly method. Synth Biol (Oxf). 2022 Oct 11;7(1):ysac023. doi: 10.1093/synbio/ysac023. PMID: 36381610; PMCID: PMC9664905.
3、Dharmadi Y, Patel K, Shapland E, Hollis D, Slaby T, Klinkner N, Dean J, Chandran SS. High-throughput, cost-effective verification of structural DNA assembly. Nucleic Acids Res. 2014 Feb;42(4):e22. doi: 10.1093/nar/gkt1088. Epub 2013 Nov 6. PMID: 24203706; PMCID: PMC3936733.
4、Garenne D, Thompson S, Brisson A, Khakimzhan A, Noireaux V. The all-E. coliTXTL toolbox 3.0: new capabilities of a cell-free synthetic biology platform. Synth Biol (Oxf). 2021 Aug 4;6(1):ysab017. doi: 10.1093/synbio/ysab017. PMID: 34712841; PMCID: PMC8546610.
5、Dudley QM, Cai YM, Kallam K, Debreyne H, Carrasco Lopez JA, Patron NJ. Biofoundry-assisted expression and characterization of plant proteins. Synth Biol (Oxf). 2021 Sep 11;6(1):ysab029. doi: 10.1093/synbio/ysab029. PMID: 34693026; PMCID: PMC8529701.
6、Hanko EKR, Paiva AC, Jonczyk M, Abbott M, Minton NP, Malys N. A genome-wide approach for identification and characterisation of metabolite-inducible systems. Nat Commun. 2020 Mar 5;11(1):1213. doi: 10.1038/s41467-020-14941-6. PMID: 32139676; PMCID: PMC7057948.
7、Quaglia D, Ebert MC, Mugford PF, Pelletier JN. Enzyme engineering: A synthetic biology approach for more effective library generation and automated high-throughput screening. PLoS One. 2017 Feb 8;12(2):e0171741. doi: 10.1371/journal.pone.0171741. PMID: 28178357; PMCID: PMC5298319.
8、医学分子生物学实验技术/韩骅,高国全主编.一4版.—北京:人民卫生出版社,2020.9(2021.9重印)
- ValitaCell加入贝克曼库尔特生命科学
ValitaCell加入贝克曼库尔特生命科学
其中国业务由贝克曼库尔特生命科学中国区和美谷分子中国共同运营
北京时间(2023年6月8日讯)——贝克曼库尔特生命科学于2022年9月13日宣布收购ValitaCell Ltd.(“ValitaCell”)。ValitaCell是一家生物技术公司,总部位于爱尔兰都柏林,致力于为生物制药行业创造开创性的分析产品和技术,旨在降低新疗法的成本和加快产品上市时间。
目前,单克隆抗体已成为重要的生物制药治 疗方式。建立强大的药物制造平台是将抗体药物发现工作无缝转化为临床和商业成功的关键。准确可靠地测定单克隆抗体( 如IgG) 滴度对于开发和后续生产至关重要。IgG定量怎能如此简单——ValitaCell产品ValitaTiter IgG定量试剂盒与业内其他的IgG定量分析技术相比,在速度和易用性等方面优于其他耗时繁琐的技术,如ELISA和HPLC。
ValitaCell联合创始人兼首席执行官Jerry Clifford博士表示:
“ValitaCell在提供创新产品方面拥有良好的记录,我们很高兴能够与贝克曼库尔特生命科学成功合作。”“我们的进步能为患者做些什么同时减少实验室人员手工工作的负担是我们的目标。我们将与贝克曼库尔特生命科学一起,推进达成我们的共同目标,加速并实现创新生物药物的可持续制造,从而更快地将它们推向市场。”
贝克曼库尔特生命科学生物技术事业部副总裁兼总经理Jason Lanie表示:
“在我们与ValitaCell的合作中,我们一直钦佩他们的创新产品和行业专业知识。”“他们包括ValitaTiter, Quantum, CellAi和ChemStress Clone Robustness的产品组合,补充了贝克曼库尔特生命科学现有和未来的产品组合。这些产品的设计与我们的产品有着相同的目标——提供更快的细胞分析同时降低错误风险。我们很高兴欢迎他们的团队,并期待着不断发展爱尔兰生物制剂创新和发展中心,以帮助满足不断变化的客户需求。”
随着ValitaCell被贝克曼库尔特生命科学的收购,同时基于ValitaTiter IgG定量试剂盒与Molecular Devices (美谷分子仪器)荧光偏振(FP) 功能的酶标仪相得益彰,其在中国的业务也即刻由贝克曼库尔特生命科学中国区和美谷分子中国共同运营,并将根据业务需求不断加大投入。
关于ValitaTiter IgG定量试剂盒,如需了解更多,请点击产品网页或拨打客服热线。如需申请免费试 用,请扫描下方免费试 用申请二维码登记信息。
产品网页:
ValitaTiter Assays for IgG Quantification (mybeckman.cn)
客服热线:
贝克曼库尔特生命科学中国区:400-821-8935
美谷分子仪器:400-820-3586
免费试 用申请二维码:
关于贝克曼库尔特生命科学
贝克曼库尔特有限公司成立于1935年,始于贝克曼博士发明的、可用于精确测量柠檬汁pH值的酸度计(pH meter)。从位于美国加州帕萨迪纳市的一家汽车修理厂内的小企业,到如今临床诊断和生命科学领域的世界巨头,贝克曼库尔特公司的成功主要归功于具有远见卓识的三位科学家:贝克曼博士和库尔特兄弟,正是他们为科技与医学带来了重要的的变化。1997年贝克曼公司和库尔特公司合并,成为今天的贝克曼库尔特有限公司,隶属全 球科学与技术的创新者丹纳赫集团。
贝克曼库尔特生命科学一直致力于改善全世界人类的健康。在过去的一百年里,“贝克曼”、“库尔特”品牌的各种仪器已被世界各地医务人员和科研工作者所普遍认可和接受。贝克曼库尔特生命科学为广大科研、商业实验室的生命科学研究工作者们提供优异的仪器系统、试剂和全 球的技术服务与支持,不断促进生物学科研的新技术发展。我们的技术支持和售后服务网络遍及全 球,营销至130多个国家。公司主要产品包括流式细胞仪、离心机、实验室自动化系统、颗粒与细胞分析仪器等,其产品主要用于前沿的重要研究领域,包括基因组学、蛋白质组学、细胞组学以及生物制药等。
欲了解更多信息,敬请访问贝克曼库尔特生命科学全 球网站www.beckman.com和中文官方网站www.mybeckman.cn。
关于 ValitaCell
ValitaCell的使命是加快生产创新药物的步伐并降低成本。我们专注于使生物制药客户能够在短时间内将药物带给需要的患者。大多数进入临床试验的药物在上市前都会失败。这一失败增加了患者的成本并延误了挽救生命的治疗。我们的团队专注于创造分析技术,使科学家能够在药物发现和开发过程的早期获得丰富的细胞数据和见解。我们致力于在全 球范围内推进人类医疗健康。
关于美谷分子仪器
Molecular Devices 始创于上世纪 80 年代美国硅谷,并在全 球设有多个代表处和子公司。2005 年,Molecular Devices 在上海设立了中国代表处,2010 年加入全 球科学与技术的创新者丹纳赫集团,2011 年正式成立商务公司:美谷分子仪器 (上海) 有限公司。Molecular Devices 以持续创新、快速高效、高性能的产品及完善的售后服务著称业内,我们一直致力于为客户提供在生命科学研究、制药及生物治疗开发等领域蛋白和细胞生物学的创新性生物分析解决方案。
- 美国贝克曼库尔特的代表产品
- 贝克曼库尔特optima64xpn超速离心机 多少钱
- 贝克曼库尔特生命科学6月市场活动预告
第十五届泛太湖白血病/淋巴瘤流式免疫分型及遗传学进展与标准化协作组研讨会
6月1-4日 苏州石湖金陵花园酒店
第十五届泛太湖白血病/淋巴瘤流式及遗传学进展与标准化协作组研讨会将于2023年6月01日至04日在江苏省苏州石湖金陵花园酒店举行。
本届会议将秉承往届会议的一贯宗旨,进一步交流国内白血病/淋巴瘤发病的新趋势和诊断与分型经验,完善适合国内常见病/多发病的诊断和治 疗标准化流程,研究国际上各技术应用和研究的新进展,致力于实现病人诊断报告的共享,促进白血病/淋巴瘤诊断和治 疗水平的进一步提高。会议邀请了国内外知名学者做大会报告及与会交流。
会议期间贝克曼库尔特将设有展台,卫星会和欢迎晚宴,参与展台活动即可赢好礼,期待您的参与!
HIT热点肿瘤分子诊断技术与应用论坛
6月15-16日 杭州龙湖皇冠假日酒店
近年来,国家连续将癌症早筛早诊纳入工作要点,癌症早筛再次被列入《健康中国行动2022年工作要点》,同时液体活检技 术不断进步发展,在肿瘤的早筛、预后和复发监测中都发挥了重要作用,国内外相关服务与产品也都在陆续进入商业化阶段 由此在政策和资本的双重推动下,学术探索和行业研发都步入快速发展的轨道。【HIT 2023第五届热点肿瘤分子诊断技术与应用论坛】聚焦肿瘤诊断,以两大板块,深度探究肿瘤早筛与复发监控;从甲基化 和组学角度,讨论多种类的筛查与诊断技术,分析癌症早筛的检测技术与应用,同时讨论复发监控技术,由此覆盖肿瘤全流 程的诊断检测。
会议期间,敬请光临A17贝克曼库尔特展台,讲座“高通量NGS检测自动化平台搭建策略”,带您了解自动化解决方案如何来满足现今生物药企业对于自动化的需求,期待您的参与!
讲座时间:6月15日11:00-11:30 论坛二复发监控会场
- 贝克曼库尔特生命科学三月市场活动预告
IND2022感染性疾病
先进分子诊断技术应用论坛
2022年3月17日-3月18日 上海
IND2022感染性疾病先进分子诊断技术应用论坛将于2022年3月17日 -18日在上海盛大召开,本次论坛聚集40+来自医院、检验中心、企业专家共同讨 论在感染性疾病领域众多棘手问题。本次大会主要围绕感染性疾病的创新诊断技 术展开讨论,例如:NGS/mNGS/单分子/纳米孔/多重PCR技术/四代测序技术/ 数字PCR/CRISPR/POCT/多重检测技术等技术,涉及湿实验过程问题探讨、背 景菌、临床病原体检测、耐药基因检测等。深度剖析病原微生物检测各流程难点 以体外诊断行业发展,纵览整体行业大格局。
会议期间,敬请光临9号贝克曼库尔特,精彩讲座“高通量mNGS检测自动化平台搭建策略”,让您了解一站式NGS自动化整体解决方案,期待您的参与!
讲座时间:
3月17日 13:50-14:20
BIT第五届求实抗体药物
深度聚焦峰会
2022年3月30日-3月31日 上海
长路漫漫,志当高远,希望研制出更能多高品质的新药、好药,成为每个抗体药逐梦人共同的命题!BIT 2022 第五届求实抗体药物深度聚焦峰会将于2022年3月30-31日上海逐梦起航!
100+生物药行业专家与1000+行业同仁邀您把握当下生物药研发新动向,共同逐梦未来!
会议期间,敬请光临A6贝克曼库尔特展台,精彩讲座“自动化时代下的抗体药物研发方案”,带您了解自动化解决方案如何来满足现今生物药企业对于自动化的需求,期待您的参与!
讲座时间:
3月30日 11:20-11:50
- 2023年一季度贝克曼库尔特离心机招商会圆满落幕
离心技术起源于1864年,作为经典的分离纯化方法至今已经发展出众多分支,而2023年是贝克曼库尔特离心机问世的第76年,为增强与商业伙伴间的联系,2023年第 一季度贝克曼库尔特开展了4期离心机全国巡演,帮助市场快速认识贝克曼库尔特离心机产品,近距离观摩和操作新款贝克曼库尔特离心机。
跟随时间的脚步,让我们一起来回顾2023年一季度贝克曼库尔特离心大师招商会的精彩盛况。
2月10日 郑州希尔顿酒店
贝克曼库尔特离心机招商会-郑州站
2月17日 西安皇冠假日酒店
贝克曼库尔特离心机招商会-西安站
3月3日 北京长富宫酒店
贝克曼库尔特离心机招商会-北京站
3月31日 广州生物岛
贝克曼库尔特离心机招商会-广州站
以上仅仅是2023年招商活动的开篇,接下来我们将在中部,南部城市持续举办离心大师招商活动,欢迎各地有志之士前来参与,共同推进离心技术的发展!
更多巡演地点
4月杭州 贝克曼库尔特离心机招商会-杭州站
4月重庆 贝克曼库尔特离心机招商会-重庆站
5月武汉 贝克曼库尔特离心机招商会-武汉站
6月福州 贝克曼库尔特离心机招商会-福州站
(如需参会,请留意贝克曼库尔特地区销售及渠道部门通知)
- 美国贝克曼库尔特的主营业务及客户类别
- 美国贝克曼库尔特au680型全自动生化分析仪价位
- 会议报道 | 贝克曼库尔特第五届全国Echo声波移液自动化高峰论坛暨第100台庆典
2023
贝克曼库尔特第五届
全国Echo声波移液自动化
高峰论坛
暨第100台庆典
Echo纳升级声波移液系统自问世以来给生命科学研究带来无数惊喜。使用创新的声波移液技术帮助科学家们加快药物研发速度,提高高通量筛选效率和数据质量,减少基因组学的试剂消耗,提供高效率高质量的科研结果,国内亦有众多客户使用Echo以及Echo整合系统Access进行相关研究。
贝克曼库尔特生命科学于5月19日下午在杭州万信云谷酒店举办第五届Echo高端用户会,为生命科学的科学家们提供高端专业的交流平台,促进合作,以期共同发展。
会议由贝克曼库尔特生命科学中国区总经理蔡俊松先生开场。
贝克曼库尔特 蔡俊松 总经理
郭慰晖先生
首先,来自润佳医药的研发总监郭慰晖先生给我们分享了新药开发流程的介绍,高通量筛选的效率和重要性,高通量筛选在新药开发中的作用。如何进行高通量筛选,高通量筛选的实验类型,高通量筛选的技术,如何化高通量筛选,以及实验的准备。高通量自动化整合设备的重要作用。借助Echo的高通量高质量的移液,筛选通量可以达到每天100-200块板子,在一个半月时间完成了1000块384孔板的高通量筛选。高通量筛选后如何进行数据处理和分析,进行数据标准化。
风雨同舟二十载,砥砺奋进一百台。Echo中国区第100台安装在西湖大学,为西湖大学的药物开发提高效率和质量。会议现场,我们进行了第100台Echo安装的庆典。来自贝克曼库尔特生命科学的总经理蔡俊松先生,贝克曼库尔特全 球应用总监Arto先生,市场部总监霍德华先生以及西湖大学老师共同参与。庆祝第100台安装,也预示着Echo在中国的使用量跨入新的一篇。
Echo第100台庆典活动照片
来自西湖大学的校长助理王廷亮与贝克曼库尔特签署第100台Echo安装在西湖大学。
毛伟峰先生
会议中,来自湃隆生物的毛伟峰总监,湃隆生物作为较早引入AI进行小分子新药开发的公司,进行了多个target的项目开发。进行了Chromosome Instability ( CIN)的药物开发。KIF蛋白家族结构相近的化合物的实验研究。利用ASMS进行50-1000个化合物的筛选,进行 DEL的筛选工作,和虚拟筛选进行筛选工作。DEL的高通量筛选介绍,如何进行DEL筛选,以及筛选流程。介绍了ASMS筛选工作,用化合物进行孵育洗脱后,用MS进行分析,ASMS的工作流程,Hit筛选,hit rate 0.17%一共75个化合物后进行后续实验。
谢轶谦先生
来自英矽智能谢轶谦为我们介绍了人工智能,以及人工智能在新药开发中的作用,从疾病假设,靶点开发确认,药物作用靶点识别,甚至先到化合物的优化都有所助力。并介绍了AI在药物开发领域的成果。稍后又介绍了英矽智能内部药物研发流程,利用pandaOmics提供广泛的数据分析和可视化的界面,从药物的活性、构效、合成到苗头化合物的研究,药物的药理代谢研究最 后到临床前的候选药物研究,与人工智能与自动化结合,达到高效率自动化智能的新药开发。利用贝克曼库尔特的Biomek以及Echo搭建全 球 首 个由人工智能发现的临床阶段小分子药物。
龚林锋副研究员
龚林锋副研究员介绍目前我们进入了后基因组时代。基因组学的发展趋势,生命与健康领域会带来新的进展,传染病医学,创新药的研发都会有突出的进展。着重讲了海洋科学的发展,融合地球科学,生命科学,能源,计算,等起到重要的作用。随着大数据时代的来临,大数据科学和重要性凸显,数据影响科学的研究的进展。介绍了古DNA研究,利用Echo进行微量研究以提高研究效率,由于Echo的纳声移液的参与不只是带来了高通量的实验手段,更提高了实验的准确性。另外介绍了单细胞研究进展和未来发展的趋势。
贝克曼库尔特全 球高级应用科学家
——Johannes 先生
贝克曼库尔特的全 球高级应用科学家Johannes先生为大家介绍了Echo的新应用。利用Echo进行的CRISPR实验能够缩小实验反应体积,另外合成生物学中的基因组装和高通量PCR实验,以及Drug-Seq的实验利用Echo进行小体积反应。介绍了BiomEcho的实验流程和配置。
本次会议在大家的热烈提问中圆满结束,感谢各位专家的参与与聆听,让我们期待下一次的相聚。
- 贝克曼库尔特生命科学震撼推出微型生物反应器光照模块
贝克曼库尔特生命科学震撼推出
微型生物反应器光照模块,
用于高通量培养
光合活性微藻和微生物。
北京时间(2023年6月21日讯):
贝克曼库尔特生命科学,为备受用户青睐的BioLector XT高通量微型生物反应器推出了强大的光照模块(LAM),其极大地推动了微型生物反应器技术。该进展将使需要进行光合作用才能生长的、依赖光的生物得以更好地研究。
BioLector XT全新光照模块
全新设计的光照模块可在365-850纳米之间自定义光照设置,包括白天和夜间照明。光谱灵活性由16种不同的LED实现,每一个LED都可以单独控制,该模块提供高达3500 µmol/m2/s的最 大的辐照度和光子通量密度。
“这项创新功能为用户提供了独特的先进技术,可帮助用户加速获得答案,迎接下一个重大突破时刻”,BioLector XT微型生物反应器产品经理Simon Briel说道,“我们的光照模块帮助研究人员为微型生物反应器内生长的生物提供自定义的光照,并为光营养培养不间断地提供更深入的分析和更丰富的报告。”
这一进展允许对多种光营养生物进行高通量筛选和工艺优化,包括微藻和蓝藻。搭载LAM的BioLector XT高通量微型生物反应器,可在线实时监测生物量、叶绿素浓度和荧光信号,而无需进行样品移液分析。
BioLector XT高通量微型生物反应器
自2021年8月问世以来, BioLector XT 高通量微型生物反应器因采用专 利的梅花板技术,可实现高通量菌株筛选、培养参数监测和补料策略优化而备受业内瞩目。BioLector XT微型生物反应器可实时评估生物量,pH值,溶氧(DO)和荧光信号,非常适合微生物、真菌和藻类的培养,包括需氧和厌氧培养。
欲了解BioLector XT全新光照模块更多资讯,敬请访问:
https://www.mybeckman.cn/microbioreactor/biolector-xt/c92483
欲了解BioLector XT 高通量微型生物反应器更多资讯,敬请访问:
https://www.mybeckman.cn/microbioreactor
中国区客服热线:
贝克曼库尔特生命科学:4008218935
关于贝克曼库尔特生命科学
贝克曼库尔特有限公司成立于1935年,始于贝克曼博士发明的可用于精确测量柠檬汁pH值的酸度计(pH meter)。从位于美国加州帕萨迪纳市的一家汽车修理厂内的小企业,到如今临床诊断和生命科学领域的世界巨头,贝克曼库尔特公司的成功主要归功于具有远见卓识的三位科学家:贝克曼博士和库尔特兄弟,正是他们为科技与医学带来了重要的的变化。1997年贝克曼公司和库尔特公司合并,成为今天的贝克曼库尔特有限公司,隶属全 球科学与技术的创新者丹纳赫集团。
贝克曼库尔特生命科学一直致力于改善全世界人类的健康。在过去的一百年里,“贝克曼”、“库尔特”品牌的各种仪器已被世界各地医务人员和科研工作者所普遍认可和接受。贝克曼库尔特生命科学为广大科研、商业实验室的生命科学研究工作者们提供优异的仪器系统、试剂和全 球的技术服务与支持,不断促进生物学科研的新技术发展。我们的技术支持和售后服务网络遍及全 球,营销达至130多个国家。公司主要产品包括流式细胞仪、离心机、实验室自动化系统、颗粒与细胞分析仪器等,其产品主要用于前沿的重要研究领域,包括基因组学、蛋白质组学、细胞组学以及生物制药等。
欲了解更多信息,敬请访问贝克曼库尔特生命科学全 球网站www.beckman.com和中文官方网站www.mybeckman.cn。
- 贝克曼库尔特离心机75周年之售后维保专栏
你知道吗?相对离心力(RCF)是指在离心力场的作用下,颗粒所受离心力相当于地球重力的倍数,单位是重力加速度(9.8m/s2)。在 1,000,000 xg相对离心力下,1g的样品相当于1,000kg,也就是一辆小轿车在重力场下的重量。
因此,在超速离心过程中,保持机器、转头、耗材的安全运行非常重要。在离心机75周年之际,贝克曼库尔特的工程师们在用户实验室进行了多次巡检,因此也总结出一份超速离心机转头的维护与保养指南,帮助大家保持正确的操作,在保障安全性的前提下提高实验效率!
维护保养
主机的维护保养
经常用软布或薄纸清洁离心腔体,以保持离心腔的清洁干燥。离心机表面和离心腔可以用软布浸湿中性清洁剂(如Solution 555以10倍稀释)清洁。为保证仪器正常运转,离心完毕应擦干离心腔冷凝水,保持离心腔干净和干燥。离心腔门上的密封圈可以用薄纸或软布每3个月清洁一次;若发现腔门O圈磨损,需立即更换。
转头的检查
定期的转头检查是转头安全运行的保障。经常检查转头表面有无损伤;转头孔内、水平吊桶底部有无损伤或腐蚀;转头盖螺纹有无磨损,如发现上述情况立即与维修工程师联系进行检测。定期检查转头的“O”型密封圈是否老化、断裂或缺损,如有上述现象请及时更换同型号“O”型密封圈。检查所有的密封表面光滑无损伤,以确保转头的密封。
转头的清洗
在转头使用中,需定期清洗转头以防止腐蚀。若出现样品外溢,应立即清洗转头和附件。
使用塑料或木质工具将“O”型密封圈或垫片取出清洗,不能使用金属工具以防止出现划痕。
使用中性的清洁剂(如 Solution 555)和软刷清洗转头及附件。
转头用水清洗后,转头体或吊桶倒置晾干。
定期清洗“O”型密封圈,“O”型密封圈建议一年更换两次(或根据具体需要)。
转头的灭菌和消毒
转头和大部分转头附件(除Noryl材质)可以在121℃下高压灭菌1h。灭菌时,取下转头盖、吊桶盖或转头塞,将转头/吊桶倒置灭菌。70%酒精可以用于所有的转头附件,也可以使用次氯酸钠(Bleach),但可能会引起转头表面涂层褪色。
转头的存放及保养
所有的定角转头、垂直及近垂直转头应将转头盖或塞子取下后,倒置存放。水平转头存放时应将吊桶取下。转头应存放于干燥通风的环境中,不能放在离心机内。定期在密封圈上涂抹真空脂(VacuumGrease ),在转头盖及吊桶盖的金属螺纹处上涂润滑油(Spinkote Lubricant)。
测速盘的检查及更换(超速离心机)
转头使用前必须检查测速盘是否干净和破损,如不干净,需用酒精清洁并等干燥后使用;如有破损,需及时更换测速盘。首先用镊子或刀片取下旧的测速盘,用丙酮清洗黏附物,然后插入工具,将新的测速盘沿着工具放置到转头的底部,并按压。取下工具,将测速盘朝下放置转头,至少压2h后再使用转头(过夜为佳)。
现场转头检查程序(FRIP)
我们为所有贝克曼库尔特超高效离心机和高效离心机用户提供现场转头检查程序(FRIP),创建该程序的目的是帮助实验室:
通过检测转头应力腐蚀、金属疲劳、磨损或阳极氧化涂层损坏,防止过早失效
为实验室人员传授正确的转头保养知识
通过FRIP,经专业训练的贝克曼库尔特工程师应邀来到您的实验室帮助您检查所有转头。工程师采用诸如光纤管道镜等非破坏性方法检查转头是否出现腐蚀等损坏迹象。如果发现问题,将建议修复或更换,帮助您避免转头失效的昂贵代价。
在FRIP访问期间,贝克曼库尔特工程师还向您的员工详细介绍维护程序、转头损坏以及转头受损时可能发生的情况。这些信息有助于加强实验室良好规范,减少应力腐蚀,特别是使用铝转头的实验室。请联系您当地贝克曼库尔特现场服务办事处安排FRIP事宜。
不确定转头是否损坏?
有时候转头腐蚀肉眼清晰可见,但有时候却不那么明显。如果您对任何贝克曼库尔特转头的状况存有疑问,请联系最近的贝克曼库尔特办事处了解具体步骤。
转头退役
转头的检查
即使设计最精良、得到最妥善维护的转头,也难以避免失效的一天。腐蚀、应力腐蚀和金属疲劳⸺这些肉眼看不见的东西最 终会造成损害。请考虑淘汰任何保修期已结束的转头。
贝克曼库尔特转头内置一些重要的疲劳寿命预防措施。比如,贝克曼库尔特超速离心机的设计可以控制转头故障造成的物理破坏;我们的高效离心机经设计和测试,确保正常疲劳寿命长于七年保修期内可以运行的周期数。但这些额外的安全措施不能取代谨慎的退役实践。即便损坏得到控制,但转头失效意味着损失宝贵的样品并严重损坏仪器⸺孤注一掷将会付出昂贵的代价。
防止腐蚀
今天的超速离心机转头维护与保养指南就介绍到这里,希望大家的每一次离心实验都能够安全又高效!
- 贝克曼库尔特access 2全自动免疫分析系统要多少钱一台
- 农业自动化控制系统解决方案
农业自动化控制系统是一套可以采集温室内的空气温湿度、土壤水分、土壤温度等环境参数,并能够自动调节温室环境的农业物联网解决方案,可达到提高产量、改善品质、节省人力、降低人工误差、提高经济效益的目的,能够实现温室种植的GX和极ng准化管理。
农业自动化控制系统介绍:
一、云平台
1、设施农业智能监测系统
通过物联网系统可连接传感器采集土壤温度、土壤水份、土壤盐分、PH值、降水量、空气温湿度、气压、光照强度、植物营养指标(养分、水分、微量元素等)以及植物生理生态指标(植物茎秆微变化、果实膨大、叶温、茎流等)来获得作物生长的**条件,并根据参数变化实时调控或自动控制温控系统、灌溉系统等;
总体概况:基地概览,一键步入
实时数据查看,超标红色预警,直观显示
可查看园区数据情况,可按气象、土壤、植物生理等查看相关数据;也可按日、周、月等时间段或自定义时间段查看数据报表。
查询植物生理相关数据
2、视频监控
管理区域内放置360°全方位红外球形摄像机,可清晰直观的实时查看种植区域作物生长情况、设备远程控制执行情况、工人生产情况等。有了这个“千里眼”,管理人员可以做到远程轻松监控、管理作业生产。增加定点预设功能,可有选择性设置监控点,点击即可快速转换呈现视频图像。
3、设施农业智能控制系统
通过物联网系统,可以设定温室内各种设备运行环境条件,当环境信息未达到预先制定的条件时,自动启动温室内的相关设备,比如:风机自动调节通风降温、内外遮阳自动调节光照强度、自动喷滴灌、自动加湿除湿、自动施肥,实现智能化管理,节水,省电,省人工,更省心。4、预警预报系统
设置作物生长环境参数安全阈值,高于或低于阈值报警系统启动。二、移动管理方便快捷
系统已实现与手机端、平板电脑端、PC电脑端无缝对接。方便管理人员通过手机等移动终端设备随时随地查看系统信息,远程操作相关设备。三、数据采集
数据采集是实现信息化管理、智能化控制的基础。由于农业行业的特殊性,传感器不仅布控于室内,还会因为生产需要布控于田间、野外,深入土壤或者水中,接受风雨的洗礼和土壤水质的腐蚀。1、无线传感器
根据现代农业发展对水份监测的需求,满足不用水份测量环境,研发出多种传感器。2、植物本体传感器
环境传感器目前以空气温湿度、光照、二氧化碳、风速风向、降雨、土壤温湿度等传感器为主,是了解作物生长环境的传感器。
植物本体传感器,能实时或阶段性地监测植物茎秆粗细的变化、叶面的温度、茎流速率、果实增重与膨大速率、植物的光合作用等植物本身的一些参数,能直观地反应植物的生长状态。通过对作物参数的测量可直观反映土壤或空气环境参数对作物的影响,从而指导用户更加科学合理地调控生产环境,以达到作物高产优质。3、温室小管家
温室小管家又叫农业环境在线监测仪可接土壤、气象、作物本体等几十种传感器,采集数据可本机查看,亦可上传至智慧云平台和手机APP,方便随时查看;带语音报警和数据播报功能,可播报超限环境信息;可设置自动采集,实现无人值守不间断数据采集;Z多可存8000组数据,亦可配内存卡无限储存。小巧便携,是设施农业中实用、高性价比的温室小管家。4、控制柜
基于无线物联网+有线Internet的双网融合技术,实现了远程自动监测与控制。平台对环境数据进行采集、分析,对设备系统进行自动/手动/定时控制,方便用户利用手机或电脑查询数据并提供直观准确的数据分析表,可进行足不出户远程监测及控制、监控的范围更广泛、实施成本更低廉、自动化程度更高等优势,从而达到合理化、科学化、节约化、GX化和极ng确化的种、养植管理。农业自动化控制系统优点:
A:实时监控:分为自动监控、手动监控、视频监控、监控采集设置
B:信息管理:历史数据查询、历史数据对比分析、报警信息查询等。
C:设备管理:可以远程设定风机、天窗、湿帘等农业电气设施的工作状态。
D:系统设置:可设定各传感器参数报警区间阀值
E:专家系统:为种植户提供植物生理、病虫FZ,水肥浇灌等方面科学种植的指导
F:用户管理:可查看所有系统登录账户的情况及登录记录以及新增不同权限用户。
成功应用案例:
萧山农科所临浦基地现代农业示范区
托普云农打造莫高现代GX农业节水示范园区农业物联网系统
天府之土的农业智慧化历程剪影——记汶川农业与托普云农物联网的wan美嫁接
托普云农打造春秋农庄脐橙产业链农业物联网平台
应用范围:
托普农业物联网在设施农业中的应用
托普农业物联网在农产品质量安全追溯系统中的应用
托普农业物联网在农林“四情”监测中的应用
托普农业物联网在农林有害生物预警中的应用
托普农业物联网在畜禽养殖中的应用
托普农业物联网在水产养殖中的应用
托普农业物联网在森林防火监测预警中的应用
托普农业物联网在公共场所卫生在线监管中的应用
托普农产品电子商务系统
托普农企ERP
- 揭秘 | NGeniuS,如何一键运行NGS自动化建库
你的自动化NGS文库构建真的全自动简单易用吗?
高通量测序技术广泛应用到产前诊断、肿瘤临床诊断、遗传学疾病检测、药物基因组学检测等各个领域。其中湿实验NGS建库因为流程复杂、步骤繁琐、耗时长等因素,自动化移液工作站代替人工已经被测序行业广泛采用。搭建成熟稳定的自动化建库平台需要经过编辑、测试、优化,方能投入使用,还可能面临处理样本数量不够灵活和以8为倍数制样的试剂浪费,有时还伴有手工半自动操作,需要培养熟练的设备管理人员等问题。
贝克曼库尔特生命科学特推出的Biomek NGeniuS全自动文库制备系统,具备简单易用的防错设置、无人值守的自动化处理、以全新的方式开启“一键式自动化”NGS。今天小贝将为你揭秘Biomek NGeniuS是如何实践极简主义,用一个按钮进行自动化建库。
图1. Biomek NGeniuS 全自动文库制备系统
一键开启NGS自动化建库
Step.1
免编应用程序 轻松设置方法
在Biomek NGeniuS Portal,支持您从NGeniuS电子应用程序库中直接选择需要使用的方法,无需方法编辑调试优化。您可以输入今日运行的批次名称、样本数量,灵活地调整建库投入量, PCR循环数,磁珠晾干时间等细节参数,并选择建库实验的安全起始点。
Step. 2
工作辅助材料 帮助试剂准备
完成实验设置后,可下载打印工作辅助表,根据表单提示准备所需试剂。
Step.3 拨动导航转盘 一键运行你的实验
Biomek NGeniuS主机的实验运行仅需控制一个唯 一的导航转盘。实验批次的信息和选择菜单将显示在背部的24英寸平视显示界面中,视图清晰简洁,内容一目了然。
图2. Biomek NGeniuS导航转盘与平视显示界面
首先,平视显示器所示的信息将指引您完成建库实验的试剂、耗材摆放。Dynamic DeckOptix光学分析技术将自动实时识别耗材种类与摆放位置是否正确,避免耗材摆放错误的发生。OCR(光学字符识别技术识别)技术,则帮助识别试剂盒标签,判断试剂使用是否正确。
随即Biomek NGeniuS通过液面探测技术,自动判断试剂管内试剂量是否足够并进行试剂分装。分装完成的试剂盒可收回冰箱存储。NGeniuS即可开始建库实验,平视显示器将同步显示建库完成时间。配合内置热循环仪,机械手搬运系统以及温控模块,NGeniuS 支持全流程无人值守。您可以通过Biomek NGeniuS Portal软件远程实时查看,随时随地掌握实验动态,合理安排实验室工作进度。
不断丰富的应用程序库
Biomek NGeniuS不需要进行建库试剂盒方法的编辑,直接从应用程序库里面下载开发完成的应用程序即可使用。同时,贝克曼库尔特生命科学旨在不断丰富应用程序,相继与IDT, Illumina, AmoyDx,Pillar Biosciences等基因测序和分析解决方案公司签订应用开发协议,在 Biomek NGeniuS全自动文库制备系统上开发应用程序,持续扩展电子应用程序库列表,满足科研端及临床转化不断迭代变化的试剂盒方法需求。
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