PCR假阳性的原因和对策
对特定的DNA片段起到放大扩增作用的一种分子生物学技术,被称为聚合酶链式反应。其可以被当作生物体外的特殊DNA复制,能够大幅增加微量的DNA。1971年Khorana首先提出设想,1985年Mullis发明了聚合酶链反应。下面就让小编带你了解一下PCR反应假阳性的原因和对策。
出现的PCR扩增条带和目的靶序列条带相同,甚至有更高的亮点,也更加的整齐。
引物设计不合适:
选择的扩增序列和非目的扩增序列有同源性,,所以当进行PCR扩增时,扩增出的PCR产物为非目的性的序列。容易出现假阳性很有可能是因为引物太短或者靶序列太短,需要对引物重新设计。
靶序列或扩增产物的交叉污染:
有两种导致这种污染的原因
1.原因:整个基因组或大片段的交叉污染,导致假阳性。
解决方案:在操作的时候应该小心轻柔,避免靶序列从离心管
溅出或者被加样枪吸入其中。对除了不能耐高温的物质以及酶以外,对于任何试剂或器材都应该高压消毒,所用所用离心管及样进枪头等都只能够使用一次。如果有必要,在对标本进行添加之前,需用紫外线对反应管和试剂进行照射,从而对存在的核酸进行破坏。
2.原因:空气中的小片段核酸污染,和靶序列相比较,这些小片段更加的短,然而具有一定的同源性。,能够互相拼接,与引物互补后,可扩增出PCR产物,从而造成产生假阳性。
解决方案:可用巢式PCR方法来减轻或消除。
出现非特异性扩增带
和预计的不相同,PCR扩增后出现的条带不是更大就是更小,或者非特异性扩增带和特异性扩增带同时出现。
原因:
1.引物与靶序列不完全互补或者物聚合形成二聚体。
2.出现非特异性扩增带因素很多,PCR循环次数过多有、Mg2+离子浓度过高以及退火温度过低都有可能导致出现非特异性扩增带。其次是酶的质和量,往往一些来源的酶不会出现非特异条带,而另外一来源的酶则则很容易出现。当酶量过多的时候,也有可能会有非特异性扩增
对策:
有必要对引物进行重新的设计。对酶的来源进行调换或者对酶量进行降低。对引物量进行降低,对模板量进行适当增加,对循环次数进行减少。对二温度点法(93℃变性,65℃左右退火与延伸)进行使用或者对退火温度进行提高。
出现片状拖带或涂抹带
PCR扩增的时候,有时也会有涂抹带或片状带或地毯样带出现。
原因:
导致这种现象的原因有很多,比如过多的循环次数,过低的退火温度,过高的Mg2+浓度,过高的dNTP浓度,退火时酶量过多或酶的质量差,过高的g2+或者dNTP浓度。
对策:
1.使用其他来源的酶或者对酶的量进行减少。
2.对循环次数减少,对模板量增加,对Mg2+浓 度和dNTP的浓度适当的降低。
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