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PCR扩增后一般进行琼脂糖凝胶电泳分析，电泳后一般有以下几种条带：
1、引物带。引物浓度过高或是扩增效率不是特别高时都会有，一般不呈现为细带，为发散状；如果目的扩增产物带和引物带都很亮，可以考虑适当降低引物量。
2、引物二聚体带。比引物跑得慢一点，条带清晰，但如果扩增产物小于100bp时，产物与引物二聚体就不好分别了，建议采用DNA聚丙烯酰胺电泳（不是蛋白质的SDS聚丙烯酰胺电泳）；如果引物二聚体在优化复性温度后仍然严重影响目的产物的扩增，优先考虑更换引物设计（因为引物合成的成本比反复优化条件的成本低）
3、目的扩增产物带。其大小与设计大小相同，条带清晰。
4、非特异扩增产物带。其大小与设计大小不相同，条带清晰。一般考虑通过提高复性温度来减少或消除（也可用温度梯度功能来寻找**的复性温度，东胜龙811型PCR仪就有此功能）。如果其片段大小比目的片段大较多，可以通过减少延伸时间来减少或消除（即不给它足够的延伸时间）。还有一种非特异扩增产物带是来自于逆转录PCR实验时的基因组DNA的污染，如果目的扩增产物中有内含子，扩增产物很可能大于目的基因。这种条带通过优化复性温度是不能消除的，可以在逆转录前用无RNA酶的DNA酶进行样本处理。
5、模板DNA带。模板浓度过高时可能出现。如果是基因组DNA为模板，条带可能会很乱且较大。一般进行PCR扩增时，模板浓度都不要太大，否则会产生一些比目的基因长一点的杂质DNA（可能不成条带，也看不到），这是由PCR扩增原理造成的。