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PCR实验室污染是常见的现象，主要原因在于长时间扩增同一个PCR产物且防护措施不到位。PCR实验室污染的典型现象就是PCR扩增的阴性对照（不加模板）变成阳性，且扩增片段是我们所要的目的片段。


PCR扩增是将一段核酸片段扩增到上百万倍的过程，且扩增产物大都是较小的分子，因此在后期的电泳及加样等操作过程中很可能产生气溶胶，扩散到取液器、试剂甚至整个实验室中。


为了减少这种现象的发生，一般PCR扩增及后处理室要与提取及PCR加样室在空间上分开，理论上越远越好，另外在气流上要防止PCR扩增及后处理室的空气回流到提取及PCR加样室。如提取及PCR加样室采用正压，而PCR扩增及后处理室采用负压，且进风口与出风口不要太近等。两个实验室的仪器也不要交叉使用，特别是跑电泳及后处量的取液器不拿到提取及加样室用。一般的研发实验室不太注意，而YL用的PCR实验室则有严格的规定，需要学习的可以上网去查国家的相关规定。有一家国外的PCR实验室要求到过扩增室人员当天不能进提取及加样室。


预防是**的办法，但如果不小心还是发生了PCR实验室污染，可以采用以下几个办法：
1、在本实验室停止本引物的扩增一段时间。一般一周以上，时间越长越好。一则是不要再生产污染源，二则通过一段时间，污染实验室的DNA片段自然降解。
2、通风。将污染物扩散到实验室外面。
3、用移动式紫外消毒灯适当照射实验室。但不太可太时间，大部分的塑料制品都经不起长时间的紫外照射。
4、将PCR实验用过的引物甚至样本等处理掉。酶、水、buffer等可用于其他PCR实验。
5、以前在电泳及PCR产物后处理实验中用过的取液器等都还回去。


PCR实验室污染是件很讨厌的事，一定要有耐心等待一周以上。不要因为着急而不断扩增，不断证明发生了PCR实验室污染。
如果是做检测类的实验，可以考虑采用UNG酶系统来防污染。即将dTTP更换成dUTP，这样扩增产生为含U的DNA。在PCR反应液中加入UNG酶，将污染的含U的DNA降解，而常规模板DNA不会被降解。