晶体日记(七)-隐蔽的角落
2022年的春天,上海封控,封在家里羡慕着自由,同时忙碌着,学习着,反思着。有个老师问我,怎么才能挑到好的单晶。我说每个人眼中的世界都不一样,每个人对晶体的审视,感觉(审美)也多有不同,所以别人教你的并不一定适用。挑的多了,反思多了,自然也就有了感觉,挑到单晶的效率也就越来越高。所以“小”到挑晶体,都是自己的经验的积累。不过,挑晶体,一点都不小,虽然被很多同学看不上眼,但是远比结构精修要重要得多。所以费力帮你挑晶体的老师需要你特别的尊重。
经验之谈
分析全套数据
大概率下,继续结构精修并不能改变什么。所以像往常一样,我需要从源头入手,从衍射图入手,哪怕是做些重复性的工作,因为hkl并不是个可靠的文件。▲图2 衍射图和Indexing
衍射图看起来并没有什么异常。分辨率很清楚,强度很不错,衍射点形状也很好,也看不出有明显的孪晶。Indexing的结果稍差,可能有些孪晶,或者其它参数上的问题。▲图3 RLATT 检查
倒易空间也看起来也不差。大多数衍射排列的还是很整齐,晶胞参数跟衍射点一致。看起来孪晶的比例并不高。经验上,只是为了解析结构的话,不处理应该也不会产生太大的影响。于是偷个懒继续往下做。然而:还原… Rsym 高了点….Scale…简直就是灾难了… (不多做解释了,为什么有问题,之前的培训已经讲过太多。学会了就会发现这里其实很不正常,APEX4软件开放了很多反馈的窗口就是让我们不要执着于hkl的数字)▲图4 Scale的问题 如果忽略了这些处理的细节,数据结果剩下的问题只有:完整度差… 以及结构解析的不顺…Rint和信噪比确实很“美”… 当然这种美并没有什么用。我反复确认了采集数据的参数,这个没有太多的重原子,原则上不会是吸收的问题,也没有晶系的问题。那问题会出现在哪里呢,数据处理怎么会这么差… 真的有那么诡异么?
从头再来走了一圈,事情回到原点,重新回到衍射图。仔细思考我忽略了什么。突然反思,我为什么要忽略它是一颗孪晶呢?衍射图,倒易空间确实看不出明显的孪晶,但是我为什么就一定判断它不会产生太大的影响呢?不对,这是个孪晶,虽然看起来不起眼。这也许是个愚蠢的失误。因为APEX4在做indexing的时候已经告诉了我问题。只是我偷懒忽略掉了。孪晶会有这样数据处理的问题。那我为什么会在直觉上忽略了呢,因为太不起眼… 平常的时候,这种孪晶比例对数据几乎没有什么本质影响。所以直接跳过了。回到Determine Unit cell,重新分析数据。对于这个数据,APEX4 很快地发现了这是两个晶畴的孪晶,两者之间绕着a轴旋转了180度。回到倒易空间,把衍射点变的更小之后,我们就可以看到孪晶的问题,大部分衍射点都离的很近。而这个孪晶的比例全然不是直观上判断的很小,而是几乎所有的衍射点的强度可能都是叠加的。这就解释了为什么衍射点的强度全都不对,数据处理自然也就出现了问题,更不用说所谓的诡异的结构精修。不得不说我现在越来越喜欢APEX4-Determine Unit Cell的Domain功能。遇到的孪晶太多,Domain功能帮我节省了大量的十分Boring的操作(再次恳求大家少做一点孪晶)。▲图5 APEX4 自动孪晶处理 调整一些必要的参数,重新处理孪晶,Rsym直接降了下来。Scale也正常地让人赏心悦目。
本次经验总结
经验之谈
经验就是,做同一件事情,时间久了在脑子里沉淀下来的直觉。经验这东西,是教不了的,也是学不会的。经验可以帮助我们在遇到类似的问题的时候,快速判断出哪一条路是快速的路。当然有时经验不好的地方,它可能会让你过于自信自己的直觉,而走向歧途。当然我们可以认为这是:经验不足。
分析全套数据
这个求助的数据本身是一个看起来完全没有问题的数据,分辨率很高,结构也并不复杂,只是一个简单的金属有机配合物而已。然而老师陷入了困惑,觉得这是一个诡异的数据。因为结构解析非常不顺利。结构非常好,Rint只有0.06,R1值却高达20%。有几个非常大的Q峰。
▲图1 起初的结构精修大概率下,继续结构精修并不能改变什么。所以像往常一样,我需要从源头入手,从衍射图入手,哪怕是做些重复性的工作,因为hkl并不是个可靠的文件。▲图2 衍射图和Indexing
衍射图看起来并没有什么异常。分辨率很清楚,强度很不错,衍射点形状也很好,也看不出有明显的孪晶。Indexing的结果稍差,可能有些孪晶,或者其它参数上的问题。▲图3 RLATT 检查
倒易空间也看起来也不差。大多数衍射排列的还是很整齐,晶胞参数跟衍射点一致。看起来孪晶的比例并不高。经验上,只是为了解析结构的话,不处理应该也不会产生太大的影响。于是偷个懒继续往下做。然而:还原… Rsym 高了点….Scale…简直就是灾难了… (不多做解释了,为什么有问题,之前的培训已经讲过太多。学会了就会发现这里其实很不正常,APEX4软件开放了很多反馈的窗口就是让我们不要执着于hkl的数字)▲图4 Scale的问题 如果忽略了这些处理的细节,数据结果剩下的问题只有:完整度差… 以及结构解析的不顺…Rint和信噪比确实很“美”… 当然这种美并没有什么用。我反复确认了采集数据的参数,这个没有太多的重原子,原则上不会是吸收的问题,也没有晶系的问题。那问题会出现在哪里呢,数据处理怎么会这么差… 真的有那么诡异么?
从头再来走了一圈,事情回到原点,重新回到衍射图。仔细思考我忽略了什么。突然反思,我为什么要忽略它是一颗孪晶呢?衍射图,倒易空间确实看不出明显的孪晶,但是我为什么就一定判断它不会产生太大的影响呢?不对,这是个孪晶,虽然看起来不起眼。这也许是个愚蠢的失误。因为APEX4在做indexing的时候已经告诉了我问题。只是我偷懒忽略掉了。孪晶会有这样数据处理的问题。那我为什么会在直觉上忽略了呢,因为太不起眼… 平常的时候,这种孪晶比例对数据几乎没有什么本质影响。所以直接跳过了。回到Determine Unit cell,重新分析数据。对于这个数据,APEX4 很快地发现了这是两个晶畴的孪晶,两者之间绕着a轴旋转了180度。回到倒易空间,把衍射点变的更小之后,我们就可以看到孪晶的问题,大部分衍射点都离的很近。而这个孪晶的比例全然不是直观上判断的很小,而是几乎所有的衍射点的强度可能都是叠加的。这就解释了为什么衍射点的强度全都不对,数据处理自然也就出现了问题,更不用说所谓的诡异的结构精修。不得不说我现在越来越喜欢APEX4-Determine Unit Cell的Domain功能。遇到的孪晶太多,Domain功能帮我节省了大量的十分Boring的操作(再次恳求大家少做一点孪晶)。▲图5 APEX4 自动孪晶处理 调整一些必要的参数,重新处理孪晶,Rsym直接降了下来。Scale也正常地让人赏心悦目。
▲图6重新Scale
本次经验总结
结构解析结论顺理成章地只花了几分钟而已… 只是自己执着于自己的“经验”,走了一圈的弯路。
此时只好自嘲一番,一不小心掉进了自己的坑里...再回到衍射图,我们就会发现,孪晶其实在衍射图上已经告诉了我们。衍射图上的很多点仔细去看,实际上是两个衍射点的叠加。所以这个孪晶并没有藏的很深,仔细看刚开始就会发现端倪,只是“偷懒”,错误的认为孪晶影响不大,才在时间上错过了发现问题的关键。全部评论(0条)
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